Az egyik legnagyobb probléma a tervezettel, hogy ma már egyetlen fejlett ország sincs a világon, ahol egy társadalmi szervezet a MTA-hoz hasonlóan önmagának vindikálná az egész ország tudományosságának kizárólagos képviseletét, ráadásul úgy, hogy közben nem visel semmilyen felelősséget. A demokratikus rendszerek sajátossága, hogy az állam vezetése a választópolgárok ellenőrzése alatt áll. Az országot vezető politikusok és szakpolitikusok legalább a választásokon megméretésre kerülnek, s tevékenységüket a választott képviselők gyűlése, a parlament által ellenőrizhetően végzik. Az Akadémia esetében ilyen felelősségről nem beszélhetünk, tagjai egymást választják, s a választópolgárok döntése nem érinti őket, ellenőrizhetőségük is igencsak felületes.

Persze ezeknek a kérdéseknek a másik oldala is figyelemre méltó. Úgy tűnik, a magyar tudománypolitikát a politikusok és az eddigi kormányzatok nem tartották olyan fontosnak, hogy a saját kezükbe vegyék. És azt is tudomásul vették, hogy a sok ezer milliárd forint értékű magyar kutatóhálózatot nem a mindenkori kormány igazgatja, ellenőrzi, hanem az adófizetőknek és a társadalomnak sem anyagi, sem politikai felelősséggel nem tartozó akadémikusok. Ez politikai szempontból a demokratikus államberendezkedéssel ellentétes, mind gazdasági, mind szakpolitikai aspektusból pedig irreális.

A rendszerváltás után alkotott akadémiai törvény létrehozta az akadémiai köztestületet, amely részint azt szolgálja, hogy az Akadémia kisajátíthassa az egész hazai tudomány képviseletét, részint azt, hogy elfedje, hogy az Akadémia lényegében néhány száz (egymást a testületbe beválasztó) akadémikus klubja. A mostani törvénymódosítás után ez az elfedés még inkább áttetszővé válik, mert ezután csak azok válhatnak a köztestület nem akadémikus tagjaivá, akiket két akadémikus vagy az MTA doktora címmel rendelkező köztestületi tag ajánl. Tehát nem akárki lehet köztestületi tag. Persze nem is lehet csodálkozni a törvénymódosítás ilyen törekvésein, ugyanis az eltelt tizenöt év alatt bebizonyosodott, hogy a köztestületiség fogalma üres, mégis zavaró, s azzal az Akadémia nem tud mit kezdeni. Ez egyértelműen kiderül, ha az Akadémia legfőbb döntéshozó testületét, a közgyűlés összetételét nézzük, amelyet a hazai akadémikusok alkotnak (akiknek száma pillanatnyilag 354 fő, de akiknek száma a törvényjavaslat értelmében 365 lehet), valamint a nem akadémikus képviselők, akik közvetlen és titkos választással nyerik el tagságukat, s akiknek száma legfeljebb 200 fő. Az egész magyar tudóstársadalmat tehát a 365 akadémikus és a több mint tízezer tudományos minősítéssel rendelkezőből titkosan választott 200 fő képviseli.

De az igazi súlyos probléma, az akadémiai kutatóintézetek kérdése. A felelősség nélküli tudóstestület ugyanis kisajátítja az ország kutatási potenciáljának meghatározó részét. Fontos hozzátenni, hogy ezek a kutatóintézetek az adófizetők pénzéből működnek - viszont működésüket olyan testületek vezetik, amelyeknek tagjai nagyrészt ugyanezen intézményekben dolgoznak, tehát működésüket lényegében önmaguk határozzák meg. Ebben annyi előrelépés történik, hogy immár külső tagokat is beemel a törvénytervezet a Kutatóhelyek Tanácsába (kormány által delegált tagokat, valamint a "kutatás, a fejlesztés vagy a gazdaság szereplői közül" választott tagokat). A törvénymódosítás létrehozza az intézetek munkáját és felügyeletét ellátó külső tanácsadó testületet is, amelynek tagjait az Akadémia elnöke kéri fel a hazai és a külföldi tudományos közösség tekintélyes tagjaiból. De a törvényjavaslat nem jut el még addig sem, mint a felsőoktatási törvény, hogy legalább gazdasági szakemberekből, menedzserekből hozná létre ezeket a testületeket. Sem az Akadémia közvetlen vezetésében, sem a kutatóintézetek vezetésében nincs nyoma a professzionalizálódásnak. Kiváló tudósok, de a menedzselés szempontjából laikusok minden szinten a vezetők.

Alapvető kérdés, hogy az ország megengedheti-e magának, hogy egy ilyen jelentős tudományos potenciál az autonómia elefántcsonttornyában elkülönüljön a gazdaság igényeitől. Aligha kétséges, hogy ennek az intézményhálózatnak a gazdasággal sokkal aktívabb kölcsönhatásban álló szervezeti formát kellene találni, s ez aligha az MTA irányításában, fenntartásában képzelhető el. Az intézetek MTA alá rendelése az ötvenes évek szovjet típusú átszervezésének és fejlesztésének eredménye. Nagyon kevés példa van a világon, hogy egy ekkora kutatóhálózat a tudományos akadémia fenntartásában és igazgatásában álljon. Ráadásul az elkülönülést, a gazdasági függetlenedést tovább növelné a törvénytervezet. Semmiképpen nem szabadna a kutatóintézeteket az Akadémia kezelésében és irányításában hagyni, helyette egy átfogó, alaposan végiggondolt fejlesztési koncepciót és törvényt kellene alkotni a nemzeti kutatóhálózatról.

Egy további krónikus probléma, hogy a törvény módosítása továbbra is fenn akarja tartani az akadémiai doktori cím hegemón szerepét. Pedig ez a cím nyilvánvaló hungarikum - pontosabban az államszocializmusból itt ragadt "sztálinikum" -, nemzetközileg el nem ismert, s el nem ismertethető. A világ fejlett részén egyetlen tudományos fokozat van (az egyetemek által adott doktori fokozat), amelynek az a célja, hogy tulajdonosának kutatói felkészültségét igazolja. A tudományos teljesítményeket ugyanis a XXI. században (de már a XX.-ban is) a publikációkkal, a szabadalmakkal, találmányokkal és az idézettségekkel mérik. Az MTA tudományos minősítési rendszere a tényleges tudományos teljesítmények értékelését szorítja háttérbe, ugyanis az MTA doktora címmel és az akadémikusi tagsággal olyan hierarchiát hoz létre, amely a tényleges tudományos teljesítmények helyett működik. Akinek nagydoktori címe van, nagyobb tudós, mint akinek nincs. Aki levelező akadémikus, az még nagyobb tudós, aki pedig rendes tag, az a legnagyobb tudós. Az egyetemi és intézeti kinevezések, a kutatási forrásokhoz való hozzájutás, s persze nem utolsósorban a keresetek szempontjából ez a meghatározó, s nem az, hogy milyen is a tényleges tudományos teljesítménye valakinek. Mert nemcsak a címek továbbéléséről van itt szó, hanem ezeknek a címeknek az adófizetők pénzéből történő - teljesítménykövetelményektől független - illetményezéséről is, ami azután végkép példa nélküli a világon. Azt, hogy miért is kell az akadémikusoknak havi közel félmilliót, az MTA doktorainak pedig havi közel százezer forintot kapni az adófizetőktől, azt az MTA honlapján azzal indokolják, hogy "mivel a tudomány piaca nemzetközi, a hazai kutatói és egyetemi fizetések pedig messze nem versenyképesek a külföldi lehetőségekkel, elemi érdeke a magyar gazdaságnak, társadalomnak és felsőoktatásnak, hogy az Akadémia évi mintegy négymilliárd forintot a legkiválóbb magyar tudósok itthon tartását elősegítő támogatásra költsön". Megdöbbentő, hogy ilyen demagóg érvrendszerrel próbálják védeni a sztálinista Akadémiától örökölt kiváltságokat. Ugyanis ezek a mondatok majd minden szakmára elmondhatók az ápolónőktől a taxisofőrökig, a kőművesektől az orvosokig. Az ő foglalkozásuk is versenyképes nemzetközileg, és őket is itthon kellene tartani, mégsem kapnak címük vagy végzettségük alapján tiszteletdíjat az adófizetőktől. Az akadémiai doktorok és az akadémikusok tiszteletdíjára fordított éves összeg együttesen nagyobb, mint az alapkutatásra szánt forrás, az OTKA.

Végül is a törvénymódosítás legsúlyosabb problémája, hogy nem teremti meg azokat a feltételeket, amelyek alapján a magyar tudomány és az akadémiai kutatóintézetek a hazai innováció hajtóerejévé váljanak. Pedig mára már közhely, hogy a versenyképesség-javulás fő forrása a belföldi K+F, az innovációs tevékenység, valamint az oktatás, szakképzés, felsőoktatás. Ez a törvénytervezet nem fog a hazai tudományos, innovációs helyzeten változtatni, azon, hogy a hazai tudományos, innovációs teljesítményt évek óta a szabadalomszám csökkenése jellemzi. Viszont ennek ellenére - ha elfogadják - kétségtelenül nyugodtan, viszonylagos anyagi gondok nélkül fog élni elefántcsonttornyaiban a hazai tudományos értelmiség elitje.

Polónyi István, egyetemi tanár