A pénteki elfogás hírére a mexikóiak kissé kétkedve reagáltak, ami sokat elárul az országban uralkodó korrupció mértékéről. Guzmán korábbi szökése kapcsán a rendőrség és a börtön vezetésének felelőssége is felvetődött, mivel a drogbáró korábban saját házából is épp így lépett meg a hatóságok elől, és kartelljének, a Sinaloának kedvelt módszere is a kábítószer föld alatti alagutakon történő szállítása volt. 

A bűnözőt pénteken fogták el, amikor a haditengerészet rajtaütött a tengerparti Los Mochisban fekvő házán. Az épületet már egy hónapja figyelték Arely Gomez államügyész elmondása szerint. Guzman csütörtökön érkezett meg a házhoz, a hatóság pedig a péntek korai órákban razziázott.

A haditengerészet megjelenésekor tűzharc tört ki, a bent lévők közül öten meghaltak, hat kartelltagot pedig letartóztattak. Egy haditengerész megsérült. A lövöldözést kihasználva Guzman és egy társa megszökött egy alagúton, amely a városi csatornahálózatba torkollott. A haditengerészek végig a szennyvízhálózaton keresztül is üldözték a szökevényeket, aki a felszínre kijutva elloptak egy autót, és azon menekültek tovább. 

Kis híján sikerült is meglépniük, de végül megállították őket az autópályán. Guzmánt páncélozott autóval szállították egy helikopterhez. 

A drogbárót a hiúsága buktatta le, az egyik embere ugyanis producerekkel és színésznőkkel is tárgyalt egy esetleges életrajzi film forgatásáról. A nyomozók így tudták meg, hogy hol kell keresni. 

Guzmán néhány bűntársát is sikerült elfogni, köztük azt az embert, aki a júliusi szökéséhez szükséges alagutat építette, és azt is, akinek a földjén az alagút áthaladt. Ezenkívül az ügyvédet, aki fizetett az alagútért és egyben Guzman sógora. A letartóztatottak közt volt az a két pilóta is, aki a júliusi szökése után két kisrepülőgéppel várta San Juan del Rióban.

Guzmán egyébként még csak nem is rejtőzködött túlságosan. Szökése óta többször is látták, illetve majdnem elkapták. 

Guzmán 1980-ban alapította a sinaloa kartellt, amelynek a vezetőjeként több milliárd dolláros birodalmat épített fel, marihuánával, kokainnal és heroinnal látva el az Egyesült Államok utcáit.