Lengyel részről az IPN a szovjetek ellen folytatott harcban szélsőséges módszereket alkalmazó Ukrán Nacionalisták Szövetségére (OUN), valamint az Ukrán Felkelő Hadseregre (UPA) vonatkozó anyagait adja át az ukrán partnereknek. Az UPA által a németek által megszállt kelet-lengyelországi Volhíniában (Voliny) 1943-44-ben végrehajtott etnikai tisztogatásnak lengyel történészek becslései szerint 35-60 ezer lengyel, zömmel polgári személy esett áldozatul, de a legyilkolt lengyelek száma a kelet-galíciai mészárlásokkal együtt elérhette a 80-100 ezret is. Ukrán források szerint a lengyel ellenakcióknak viszont 10-20 ezer ukrán áldozatuk volt.

Az IPN iratai részben az 1947 tavaszán végrehajtott Visztula-akcióhoz is kapcsolódnak. Ennek során a lengyel kommunista hatóságok az UPA elleni harc ürügyén mintegy 140 ezer ukrán nemzetiségű személyt Lengyelország délkeleti részéből kényszerrel áttelepítettek a második világháború után az országhoz csatolt nyugati területekre. Ezért a műveletért Aleksander Kwasniewski korábbi lengyel elnök 2002-ben bocsánatot kért, ukrán részről pedig egy évvel később Leonyid Kucsma akkori ukrán államfő rótta le kegyeletét a mészárlások valamennyi áldozata előtt, beleértve a lengyeleket, ukránokat és zsidókat is.

Rafal Leskiewicz, az IPN levéltári osztályának igazgatója nagyon jónak értékelte azt az együttműködést, melyet a két intézmény munkatársai a 2009-ben kötött szerződés alapján folytatnak. Mint elmondta, néhány hónapja az IPN a szovjet állambiztonság (NKVD) több ezer, évtizedekig szigorúan titkosnak minősített dokumentumát kapta meg Ukrajnától, melyek a második világháború végén a lengyel földalatti állam ellen folytatott akciókra vonatkoznak.

A két intézmény lengyel és az ukrán történészei közös kiadványokat is megjelentetnek, a közeljövőben egy sorozatot terveznek a lengyel-ukrán viszonyokról a második világháború idején és az ezt követő években.