Pozsony egyik legfontosabb feladatának tartja a fenntartható menekült- és migránspolitika közös kidolgozását és végrehajtását. A szlovák külügyminiszter reményét fejezte ki, hogy még ebben az esztendőben kellő hatékonysággal fog működni a külső schengeni határ-, illetve parti őrség, sikerül a jelenleginél sokkal eredményesebben feltartóztatni és visszaküldeni az illegális bevándorlókat. Egyúttal pedig ismét akadálytalan lesz a személyi forgalom is a schengeni térségben, továbbá új lendületet vesz a harmadik országokkal való uniós együttműködés.

„Szlovákia támogatja a legális migrációt is, többek között olyan szakemberek letelepítését, akiket a tagországok választanak ki és fogadnak be” – közölte a pozsonyi diplomácia vezetője. Aki a továbbiakban az egységes, ugyanakkor környezetkímélő energetikai unió és a digitális piac létrehozásával, továbbá az unió és az Egyesült Államok közötti kétoldalú szabadkereskedelmi megállapodásokkal (TTIP) kapcsolatos tárgyalások ösztönzését nevezte kiemelkedő jelentőségű célnak. Szlovákia uniós elnökségi programját a pozsonyi kabinet csak június végén, a Nagy-Britannia uniós tagságáról döntő népszavazás eredményének ismeretében hagyja jóvá.

Több szlovák és külföldi politikai elemző is emlékeztet, hogy Pozsony olyan időszakban veszi át a soros elnökséget, amikor súlyos ellentétek gyengítik az unió cselekvőképességét. Bonyolítja a helyzetét az is, hogy Magyarországhoz hasonlóan Robert Fico kormánya szintén keresetet nyújtott be a luxemburgi székhelyű Európai Bírósághoz a kötelező kvótarendszerről rendelkező európai tanácsi határozat, valamint a kényszer-betelepítések ellen.