Később a hagyományokhoz híven cédulát rejtett az ősi kövek közé Jeremiás könyvének soraival: "Jó az Úr azokhoz, akik várják őt, a lélekhez, aki keresi őt". Innen a pápai delegáció Nyugat-Jeruzsálem felé folytatta útját, ahol a pápa a Nagyzsinagóga melletti vallási központban a zsidóság izraeli vezetőivel, Jona Metzger askenázi, és Slomo Amar szefárd főrabbival találkozott. Metzger rabbi üdvözlőbeszédében megköszönte, hogy a Vatikán lemondott a zsidók körében a térítésről és hogy végül nem fogadták vissza a holokauszttagadó Wiliamson püspököt. Kérte, hogy a templomokban, a keresztény közösségekben megmentett zsidó világháborús árvák megismerhessék gyökereiket, s ennek érdekében napfényre kerülhessenek az ezzel kapcsolatos iratok. A pápa pedig a júdaimussal folytatott dialógus fontosságát méltatta, a kölcsönös megértést, egymás tiszteletét szorgalmazta. Felidézte a második vatikáni zsinat döntését, amely 1965-ben megszüntette a zsidókkal szemben az istengyilkosság vádját, s megmásíthatatlannak nevezte keresztények és zsidók megbékélésének folyamatát.

Ezután XVI. Benedek a középkori várfalakon kívülre, a Cion hegyen az Utolsó vacsora terméhez hajtatott, ahol a keresztény jelenlét közel-keleti fontosságát méltatta. Mint mondta, az itt élő keresztények a nehézségek ellenére segítik a béke légkörének megteremtését. A katolikus egyházfőt a kicsiny, de lelkes jeruzsálemi katolikus közösség a latin patriárka templomában várta. A görög patriárka jelenlétében elmondott köszöntőbeszédében arra kérte a híveket, hogy imádkozzanak Jeruzsálem békéjéért, a konfliktus rendezéséért. A Jeruzsálem melletti Olajfák hegyének a lábánál, utolsó ítélet helyszínének tartott Jozafát völgyében celebrálta a katolikus egyházfő izraeli látogatásának első szabadtéri miséjét több ezer hívő előtt. Mint mondta, Jeruzsálem falain belül nincs helye erőszaknak és a bosszúnak, hanem az igaz jognak és a békekeresésnek kell győzedelmeskednie. Ezúttal is azt hangsúlyozta, hogy a Szentföld mindenkié.

A pápalátogatás izraeli visszhangja igen vegyes. A reptéri beszéd kapcsán a rádiók és a televíziók kommentátorai örömmel fogadták a második világháború zsidó áldozatainak megemlítését. A Jad Vasem holokausztmúzeumban nemcsak az elmondott szöveg okozott csalódást, mert nem említette meg a felelősséget sem a Vatikán, sem a németek, sem az egykori Wehrmacht-katona szempontjából, de a beszéd is igen monotonra sikerült, talán a 82 éves egyházatya fáradtsága következtében. Az izraeli kritikákra válaszul a Vatikán szóvivője, Federico Lombardi kijelentette, hogy 2005-ben a kölni zsinagógában járva a pápa már beszélt német múltjáról, nem említhet minden alkalommal mindent. A Hitlerjugend-tagsággal kapcsolatban pedig azt mondta, hogy az akkor tizenéves Joseph Ratzingert akarata ellenére léptették be a szervezetbe.

XVI. Benedek a jeruzsálemi Siratófalnál