Az új per nem volt teljesen váratlan: a 2005-ben meghozott ítélet után az ügyészség jelezte, hogy folytatás várható. Bár 2006 végén a krasznokamenszki fegyházból az új ügy kapcsán Csitába szállították Hodorkovszkijt, ügyvédjei csak negyedévvel később értesültek a vád tartalmáról. A Novije Izvesztija lapnak nyilatkozó ügyvéd, Vagyim Kljuvgant szerint az újabb ügyek célja csupán az, hogy az üzletember ne kapjon lehetőséget az idő előtti szabadulásra. (Elméletileg a büntetés felének letelte után mérlegelhető a szabadon bocsátás.)

Az új vádak alapján 1998 és 2004 között a Yukos olajvállalat tulajdonosa és üzlettársa, Platon Lebegyev 892 milliárd rubel - 2004-es árfolyamon 32 milliárd dollár - értékben sikkasztott el kőolajat, amely a Juganszknyeftyegaz, a Tomszknyefty és a Szamaranyeftyegaz tulajdona volt. Emellett jogtalanul szerezték meg 1998 és 2000 között a 3,6 milliárd rubelt (1999-es árfolyamon 225 millió dollárt) érő Vosztocsnaja Nyeftyanaja Kompanyija részvényeit is.