A politikus távozását Mirek Topolánek miniszterelnök hetek óta szorgalmazta, de Cunek sokáig hajthatatlan volt, és azt követelte a kormányfőtől, hogy ne őt, hanem egyik pártbeli vetélytársát, a KDU-CSL volt elnökét, Miroslav Kalousek jelenlegi pénzügyminisztert váltsa le. Erre viszont Topolánek nem volt hajlandó. Jirí Cunek alatt a pártelnöki szék is inog, ezért feltehetően jobbnak látta, ha ennek a posztnak a megőrzésére összpontosít.

A cseh politikai színtér egyik legtöbbet bírált politikusa több korrupciógyanús ügybe keveredett. Két éve azzal gyanúsították, hogy félmillió korona csúszópénzt fogadott el, amikor a morvaországi Vsetín polgármestere volt. Saját titkárnője jelentette fel őt, aki azt állította, látta, ahogy átvette a pénzt.

Cunek akkor is közfelháborodást keltett, amikor egy interjúban azt fejtegette: ahhoz, hogy a politikusok Csehországban szegénynek nyilvánítsanak valakit, az illetőnek elsősorban randalíroznia kell, majd tüzet raknia otthon vagy a főtéren, hogy jó barnára süljön le. Miután sokan támadták rasszista megnyilvánulása miatt, azzal érvelt, hogy miniszterelnök-helyettesként és régiófejlesztési miniszterként szeretné elérni: a romák végre dolgozzanak.