Az Ázsiában működő, Szent Ferenc Xavér vezette jezsuita szerzetesek a XVI. század közepén hozták a kereszténységet a szigetországba. Főleg Nyugat-Japánban, Kjúsú szigetén sikerült téríteniük, a század végére a hívők száma pedig elérte a kétszázezret. Ekkor azonban a sógun a misszionáriusokat kitiltotta az országból. Az ezt követő Edo-korszakban a Tokugawa sógunátus hermetikusan elzárta magát a világtól, és csak egy kis nagaszaki szigetre engedte be először a portugálokat, majd később csak a holland kereskedőket. A kereszténységet - és minden más nyugati befolyást - a sógun a hatalomra és a társadalomra veszélyesnek ítélte és betiltotta.

A hétfői boldoggá avatással a szentté válás útjára lépő száznyolcvannyolc, katolikus mártírt a Tokugawa sógun 1603 és 1639 között ölette meg, legtöbbjüket megkínozta, majd forró vizű vulkanikus tavakba dobatta. Japán katolikus szervezetek szerint a szigetországi hasonlított az ókori, Diocletianus császár alatti keresztényüldözéshez, és a halálra üldözöttek száma elérhette a negyvenezret is. Közel kétszázötven évig a japán kereszténység csak a föld alatt létezhetett, és csak a Mejdzsi restauráció során, a XIX. század végén vált újra engedélyezett vallássá. Ma a japán lakosság kevesebb, mint egy százaléka, körülbelül egymillió ember mondja kereszténynek magát, közöttük félmillió a katolikus. Közéjük tartozik az ország miniszterelnöke, Aszo Taro is. Őt egyébként nem hívták meg a hétfői boldoggá avatási ceremóniára, amelyet huszonhét évvel ezelőtt, II. János Pál pápa japán látogatását követően kezdtek el szervezni.

Szamurájok is hozzájárultak a japán kereszténység életben maradásához