Ivo Vondrák, az ostravai Műszaki és Bányászati Főiskola rektora érdeklődésünkre döntésüket azzal indokolta, hogy az államfő nem küldött minden kollégájának meghívót, ezért maradnak távol, mert a szelektálást megengedhetetlennek és kicsinyes bosszúnak tartják. Milos Zeman a bejelentést így kommentálta:

– Szeretném megköszönni a rektor uraknak, hogy nem jönnek el, legalább több hely lesz a várhatóan zsúfolt helyszínen, ahova így a kitüntetettek hozzátartozói is beférnek.

Több cseh politikus cinikusnak és az államfőhöz különösen méltatlannak minősítette ezt a megjegyzését.

Milos Zeman két cseh rektorral nem áll szóba. Mikulás Bekre, a brnói Masaryk  Egyetem vezető képviselőjére azért haragszik, mert három évvel ezelőtt nem engedte meg neki, hogy már elnökjelöltként előadást tartson a felsőoktatási intézményben. Indoklása szerint politikai kampánynak nincs helye az egyetemen. Libor Grubhofferre pedig azért orrolt meg az elnök, mert a Dél-csehországi Egyetem rektora a cseh tudományos élet autonómiáját súlyosan sértőnek minősítette Milos Zeman magatartását, aki morális szempontokra hivatkozva nem volt hajlandó egyetemi tanárnak kinevezni Martin C. Putna neves katolikus irodalomtörténészt.

– Tiszteletben tartom minden személy szexuális orientáltságát, az sem zavar, ha Putna úr részt vesz a Parague Pride melegfelvonuláson, ám az ottani viselkedése megbotránkoztatott – érvelt három évvel ezelőtt Milos Zeman.

Az egyetemi oktató ugyanis az említett rendezvényen a „Katolikus buzik üdvözlik Bátorát!" feliratú transzparenssel menetelt. Így tiltakozott Ladislav Bátora volt oktatásügyi államtitkár megnyilvánulásai ellen, aki a felvonulás betiltását követelte, a homoszexuálisokat pedig genetikailag hibás személyeknek nevezte. Végül Milos Zeman a heves tiltakozások után aláírta a kinevezést, de a dekrétumot nem ő, hanem az oktatásügyi miniszter adta át Putnának.