Az a vád ellene, hogy az 1977-ben hozott amnesztiatörvényt „felülírva” vizsgálatot kívánt indítani a spanyol polgárháború, majd a Franco-rendszer 114 ezer eltűntjének felkutatására.

A bíró ellen a szélsőjobboldali Tiszta Kezek szervezete kezdeményezte a vádat. A keddi tárgyaláson Luis Navajas, a Legfelsőbb Bíróság ügyésze „elfogadhatatlannak” nevezte, hogy a bíróság befogadta a vádemelési indítványt, s ezért a per berekesztését kérte, de két másik pontban is Garzón védőügyvédei érvelésének adott igazat. A bíróság épülete előtt emberi jogi csoportok képviselői tiltakoztak a tárgyalás ellen, amely – szerintük – újabb bizonyíték, hogy a Franco-rendszer tettei „büntetlenséget” élveznek Spanyolországban mind a mai napig. Amennyiben Garzónt bűnösnek mondják ki, akkor 20 évig eltilthatják a bírói hivatása gyakorlásától.