A lengyel katolikus egyház történelmi bizottságának vizsgálata állapította meg, hogy „Cappino” fedőnéven Kowalczyk informátorként szerepelt az 1982 és 1990 között keletkezett titkosszolgálati aktákban. Arra nézve azonban nem talált bizonyítékot a bizottság, hogy a Vatikán diplomáciai szolgálatában álló lengyel főpap ténylegesen együttműködött volna a titkosszolgálattal – mondta a lengyel katolikus egyház egy szóvivője a lengyel PAP hírügynökségnek.  A „Cappinóról” készített akták tartalmát a titkosszolgálat megsemmisítette 1990-ben.

Az érsek a Rzeczpospolita című lengyel lapnak adott interjúban kijelentette, hogy  "nem élt vissza a Szentatya bizalmával". A Vatikán képviselőjeként hivatalos tárgyalásokat folytatott a hatalom gyakorlóival Varsóban, de állítása szerint csakis e célból találkozott lengyel hivatalos személyekkel. Azt nem zárta ki, hogy a titkosszolgálat munkatársai is ott lehettek a lengyel állam hivatalos tárgyalócsoportjában, de hangsúlyozta: előzetesen mindig egyeztetett pápával – honfitársával, II. János Pállal –, hogy mit mond ezeken a tárgyalásokon.

Az 1938-as születésű Kowalczyk a hatvanas évektől Rómában élt, és évekig dolgozott a Kúriánál. 1989 óta apostoli nuncius Lengyelországban.