A feszültség eszkalálódásának egyik oka lehet az iráni hatalmi harc. Az Iránnal foglalkozó elemzők egy része feltételezi, Teherán azért is képtelen racionális módon tárgyalni a Nyugattal az atomprogramról, mert állandó presztízsküzdelem folyik a hatalom különböző csoportjai között. A nukleáris fejlesztés egyébként olyan kérdés, amelyet az iszlám köztársaság polgárainak nagy része támogat. Az atomerőmű-építés még az elűzött sah idejében, jóval az 1979-es iráni forradalom előtt indult be.

A belpolitikai konfliktusról annyit lehet tudni, hogy az jelenleg Mahmud Ahmadinezsad államfő és Ali Khamenei ajatollah, a legfőbb (vallási) vezető között zajlik. Khamenei például nyilvánosan felvetette, hogy a jelenlegi elnöki rendszert átalakíthatnák parlamentáris-miniszterelnöki szisztémává, így 2013-ban nem kellene új államfőt választani – Ahmadinezsad lehetne az utolsó közvetlenül választott elnök. Köztudott, hogy az elnök jelenlegi stábfőnökét, s egyben fiának apósát szeretné utódjaként látni.

Ahmadinezsad választottja Eszfandiár Rahim Masaei, aki az 1980-as évek óta a jelenlegi elnök legközelebbi barátja. Masaeit sokan ellentmondásos alaknak tartják, főleg a 75 millió lakosú országot irányító felső klérus köreiben. Botrányt keltett, amikor olyan rendezvényen jelent meg Törökországban, ahol nők táncoltak, Iránban pedig egy olyanon, ahol nők olvastak fel a Koránból. A legnagyobb felháborodást azzal váltotta ki a főajatollahok körében, amikor kijelentette: az iráni népnek egyetlen nép sem az ellensége, sem az Egyesült Államoké, sem Izraelé. (Állítólag kapcsolatokat épített ki amerikai kormánykörökkel is.) Félreértés ne essék: a főtanácsadó legutóbb azzal a mondatával híresült el, hogy a „cionistáknak” egy hetet adott, ha megtámadnák Iránt.

Masaeit az államfő kinevezte volna első helyettesévé – ezt a legfőbb (vallási) vezető nem tűrhette el. Az eredetileg villamosmérnök bizalmi ember olyan hitbeli témákra is áttévedt, ami közvetlenül zavarja a főpapság érdekeit. Az egyik ilyen tézise, hogy gyakran hivatkozik az iráni kultúra iszlám előtti értékeire. Az ajatollahok szemében az irániság egyediségének hirdetése kihívásnak számít – szembeszegülésnak tartják az általuk hirdetett vallási tanokkal.

Khamenei szemében az is botránykő, hogy a közvélekedés szerint Masaei közvetlen, spirituális kapcsolatban áll a rejtőzködő 12. imámmal. Ő a Mahdi, azaz a síita megváltó, aki időszámításunk szerint 872 óta rejtőzködik a világ elől. Az elnöki főtanácsadó állítólag időnként titokzatos kapcsolatba lép a Mahdival. Elképzelhetjük, micsoda kihívás ez az egész állami rendszer ellen, amelyet a klérus irányít, s amelynek az élén a legfelső (vallási) vezető áll, akinek feltehetően monopóliuma van a hasonló kapcsolatokra. Masaeit és környezetét ezért a papság „deviánsként” bélyegezte meg. Több munkatársát azért tartóztatták le, mert „varázslásban” találták őket bűnösnek. Az iráni főpapság eddig főleg világi ellenzéke, így a 2009-es elnökjelölt, Mir Hosszein Muszavi Zöld mozgalma ellen lépett fel. Masaei vallásosnacionalista kihívást jelenít meg, a vallásos tömegeket, a nélkülöző messiásvárókat szólíthatja meg.