"A megújítás célja, hogy a jelen szerkezetében fenntarthatatlan rendszert méretében és szolgáltatásaiban is versenyképes, a szervezeti igényekre és a tudományos kihívásokra egyaránt választ adó, felfedező és célzott kutatással foglalkozó kutatóintézet-hálózattá alakítsák." Ezekkel a szavakkal indokolja az MTA közleménye a Pálinkás József akadémiai elnök által a testület közgyűlésén bejelentett átszervezéseket.

Az eddig kiszivárgott információk szerint az akadémiai osztályok titkárságait összevonják (élő, élettelen és társadalomtudományi részleg működik majd a jövőben), nem tudni ugyanakkor, hogy a megszüntetendő állásokból kikerülők megpályázhatják-e az új posztokat, vagy pedig a "vérfrissítés" is a célok között szerepel. Hasonló dilemma merül fel a kutatóintézetek összevonásával kapcsolatban is: egyelőre nem világos, hogy az intézkedéssorozat hogyan fogja érinteni a kutatói állásokat (a gazdasági, adminisztrációs, könyvtári és egyéb kiszolgáló szervezetek összevonásának indokoltságát senki nem kérdőjelezi meg).

Ugyanakkor kevés logika látszik a körvonalazódó intézményszervezési lépésekben. A kis társadalomtudományi intézetek összevonása lehetne egy átgondolt tendencia része is, de a Nyelvtudományi Intézet kimaradása nem illik ebbe a koncepcióba. Az egyes intézmények önállóságát elvileg úgy is meg lehet őrizni, hogy közben a kiszolgáló szervezeteket leválasztják, és egy közös adminisztratív hátteret hoznak létre - néhol a jelek szerint ez történik, másutt viszont megmarad az adminisztráció különállása.

Az önállóságnak azért van (vagy lehet) perdöntő jelentősége, mert a még működő akadémiai kutatóintézetek többsége a gyakorlatban uniós forrásokból él, és a jogállásuk meghatározza, hogy milyen pályázatokon indulhatnak, illetve, hogy az egyes projektekben milyen szerepet tölthetnek be.