A kutatóegyetemek létrehozásának célja, hogy - német mintára - olyan elitegyetemek jöjjenek létre, amelyek kutatási eredményeiket az oktatásba is képesek közvetíteni. Bajnai Gordon kormányfő az ünnepségen azt mondta, az a cél, hogy a magyar felsőoktatási intézmények teljesítményüknek és minőségüknek köszönhetően felkerüljenek Európa és a világ felsőoktatási térképére.

Az elvárások között nem csupán a kiemelkedő kutatási tevékenység, vagy a jelentős nemzetközi kapcsolatok szerepeltek, hanem az erős tehetséggondozás is. A pályázatban be kellett mutatni az intézmény eddigi tudományos eredményeit és adatait is.

Bár a cím elnyerése nem járt automatikus pénzbeli támogatással, csaknem az összes államilag elismert egyetem beadta pályázatát. Így az öt nyertes - az ELTE, a BME, a Debreceni Egyetem és a Szegedi Tudományegyetem és a Semmelweis Egyetem - mellett pályázott még a Budapesti Corvinus Egyetem, a Pécsi Tudományegyetem, a Miskolci Egyetem, a gödöllői Szent István Egyetem, a veszprémi Pannon Egyetem, a soproni Nyugat-Magyarországi Egyetem, illetve a Pázmány Péter Katolikus Egyetem is. Vagyis a kaposvári, a győri és az újonnan alakult óbudai, illetve a speciális képzéseket nyújtó művészeti és nemzetvédelmi egyetemek kivételével az összes állami intézmény szerette volna elnyerni a kitüntetést.

A pályázatokat egy 100 pontos rendszer szerint értékelték: a kutatóegyetemi címet elnyert egyetemek 80 pont fölött teljesítettek, és Manherz Károly felsőoktatási szakállamtitkár szavaival "egész egyetemként megfeleltek a pályázati feltételeknek". Ők a kutatóegyetemi címet 2013. március 31-ig viselhetik, utána ismét pályázniuk kell az elismerésre. Szintén elérte a minimálisan elvárt 70 pontot további öt intézmény, ők azonban "csak bizonyos tudományterületeken vagy szervezeti egységüket tekintve" feleltek meg a kritériumoknak. Ezek az intézmények „kiváló egyetem" című miniszteri elismerést kaptak.

A Pécsi Tudományegyetem a kiemelkedő színvonalú képzést nyújtó, a tudományos életben elismert, a biológiai tudományok, orvostudományok területén folytatott tevékenységéért, a Szent István Egyetem a kiemelkedő színvonalú képzést nyújtó, a tudományos életben elismert, az agrártudományok, környezettudományok, állatorvos-tudományok területén folytatott tevékenységéért vehette át az oklevelet és a réztáblát.

A Miskolci Egyetem a kiemelkedő színvonalú képzést nyújtó, a tudományos életben elismert, az anyagtudományok és technológiák, a multidiszciplináris műszaki tudományok (energetika, gépészet) területén folytatott tevékenységéért, a Budapesti Corvinus Egyetem a kiemelkedő színvonalú képzést nyújtó, a tudományos életben elismert, a közgazdaságtudomány, gazdálkodás- és szervezéstudomány területén folytatott tevékenységéért, a Pannon Egyetem pedig a kiemelkedő színvonalú képzést nyújtó, a tudományos életben elismert, a vegyészmérnöki tudományok, a multidiszciplináris természettudományok (energetika, környezettudományok) területén folytatott tevékenységéért kapta meg a kiváló egyetem címet.

A miniszteri elismerések kiosztásával ugyanakkor a tárca feltehetőleg a vesztesek haragját is el szerette volna kerülni. A kutatóegyetemi címet ugyanis jelentősen devalválta volna, ha öt-hatnál több intézmény kapja meg, így hosszas gondolkodás után - az eredeti pályázati kiírás szerint már február 10-én ki kellett volna hirdetni, ki viselheti az elismerést - végül úgy döntött a tárca: csak egy szűkebb körben határozza meg a nyertesek körét.

Hiller István részben bejelentette annak az EU-s pályázatnak az eredményét is, amelynek keretében három évre összesen 27 milliárd forintot nyerhettek a felsőoktatási intézmények. A kiírási feltételek nagyon hasonlóak voltak: a tárca azért is várta össze a két pályázat elbírálását, mert korábban több támadás is érte, hogy a kutatóegyetemi cím csak egy papír - pénz nélkül.
Az előzetes várakozásoknak megfelelően így végül a kutatóegyetemi címet elnyert egyetemek mindegyike három-három milliárd forintot is kaphatott az oklevele mellé.

Két, a kutatóegyetemi címről most lecsúszott intézmény is nyert az EU-s pályázaton: a Budapesti Corvinus Egyetem 2,5, a Pannon Egyetem pedig - a kutatóegyetemi pályázaton nem indult Széchenyi István Egyetemmel együtt - 1,6 milliárd forintot. Úgy tudjuk: a Nyugat-Magyarországi Egyetem is kapott két milliárd forintot.

A támogatásokat többek között innovációra, a laborok fejlesztésére, külföldi ösztöndíjakra, kicsoportos oktatásra, tehetséggondozásra, külföldi vendégprofesszorok meghívására fordíthatják az intézmények.

A miskolci illetve a pécsi egyetem most nem jutott forráshoz, de Manherz Károly szerint még pályázhatnak a konvergencia régió számára fönnmaradt 4,5 milliárd forintra.

A források automatikus biztosítását amúgy a tárca a következő kormányra bízza: a kutatóegyetemek „többlettámogatásának forrása hosszabb távon, a 2012-es évtől kezdődően - a felsőoktatás minőségi fejlesztésének céljával összhangban szükségszerűen átalakítandó - normatív költségvetési finanszírozás kell, hogy legyen" - olvasható a minisztériumi háttéranyagban.