Borovszky Tímea szerint 2009 februárjában Nagy Attila egy olyan levelet küldött el több vezetőnek a minisztériumban, amely személyét érintő valótlan és becsületsértő állításokat tartalmazott, így például, hogy az általa vezetett főigazgatóság gazdálkodása kapcsán bűnszervezetre utaló adatok merültek fel, illetve hogy Zuschlag János ügyéhez hasonló csalással gyanúsítható, védelmi pénzt szed, és a támogatási összegek 10 százalékos visszafizetését várja el. A tárgyaláson Nagy Attila tagadta bűnösségét.

Ugyanebben az eljárásban Nagy Attila viszontváddal élt Borovszky Tímeával szemben azért, mert a főigazgató 2009 márciusában az egyik kereskedelmi tévében arról beszélt: egy jegyzőkönyv Nagy Attilára nézve súlyosan terhelő információkat tartalmaz pénzügyi manőverekkel és számlavásárlással kapcsolatban. Nagy Attila szerint azonban ez a jegyzőkönyv nem létezik, hamisítvány. A büntetőper a vádlottak meghallgatása után tanúk meghallgatásával folytatódik a Pesti Központi Kerületi Bírságon.

Hiller István oktatási miniszter 2009. márciusában jelentette be, hogy a tárca feljelentést tett a hátrányos helyzetűeket felkaroló Katapult Mentorprogramnál történt szabálytalanságok miatt a nyomozóhatóságnál, ismeretlen tettesek ellen. Az eljárás lezárultáig a miniszter felfüggesztette hivatalából Borovszky Tímea esélyegyenlőségi főigazgatót.

Szeptemberben gyanúsította meg az ügyészség Borovszky Tímeát vesztegetéssel és hivatali visszaéléssel. A nyomozó ügyészek szerint a gyanúsított 2008 tavaszán, hivatali helyzetével visszaélve, jogtalan előnyt kért egy munkatársa részére, oly módon, hogy arra kérte az alapítvány képviselőjét, a támogatásra szánt összegből, titokban, 600 ezer forintot adjon át.