Manninger Jenő egyetemi tanulmányait 1942-ben Pécsett fejezte be. A helyi kórbonctani klinikán kezdte orvosi működését, majd 1944-ben frontszolgálatra került. 1945-ben hadifogságba esett, szovjet tábori kórházakban dolgozott. Hazatérése után, 1948-ban a budapesti Koltói Anna Kórházban, majd az abból 1956-ban megalakított (2007-ben megszüntetett) Országos Traumatológiai (Baleseti) Intézetben folytatta pályafutását, amelynek haláláig, 60 éven át munkatársa, 1978-89 között főigazgatója volt. Számos külföldi ösztöndíj révén ismerkedett meg a nemzetközi kéz- és csípősebészet korszerű módszereivel, amelyeket a hazai gyakorlatba is bevezetett, és kutató munkásságával továbbfejlesztett. Ennek nyomán európai hírű kézsebészeti iskola jött létre, megszerveződött a magyar baleseti és kézsebészeti hálózat. 1968-ban ő végezte az első korszerű csípőprotézis-beültetést az országban.

1965-ben kandidátusi, 1980-ban MTA doktori fokozatot szerzett, az Orvostovábbképző Egyetem Traumatológiai Tanszékének vezetőjeként szervezte a baleseti sebészek képzését, továbbképzését. Számos hazai és külföldi szakmai társaság vezetője, tagja, majd tiszteletbeli tagja volt. Munkásságáért Batthyány-Strattmann- és Semmelweis-díjban is részesült, nemzetközi elismerései közül kiemelkedik az Amerikai Kézsebészeti Társaság által adományozott A kézsebészet úttörője cím.

Nyugdíjba vonulása után haláláig elsősorban a combnyaktörés gyógyításának kérdéskörével foglalkozott. Az általa kidolgozott műtéti módszert egyre több nyugat-európai intézetben is alkalmazzák, 227 magyar, illetve idegen nyelvű könyv, könyvfejezet, közlemény szerzője, társzerzője volt.
A munkásságát összefoglaló monográfiát 2005-ben német, majd 2007-ben angol nyelven is megjelentették.

2003. augusztus 20-án Mádl Ferenc akkori államfőtől vette át a Magyar Köztársasági Érdemrend középkeresztjét