A Magyar Tudományos Akadémia elnöke válaszlevelében úgy fogalmazott, hogy a tiltakozó levél külföldi aláíróit - akik szerinte valamennyien úgy hiszik, jó ügyet szolgálnak - "súlyosan félrevezették" a magyarországi viszonyokat és különösen a tudományos élet helyzetét illetően. Véleménye szerint az akadémiával kapcsolatos "álhíreket" két elismert magyar filozófus terjesztette.

Pálinkás József hangsúlyozta: egyetértve az elvvel, amely szerint tudományos kutatás értékét csak a tudomány művelőinek van jogában megállapítani, most nem a kutatás tudományos értékének megállapítása a kérdés. A kérdés az, hogy a kutatási támogatást a szabályoknak megfelelően használták-e fel vagy nem - szögezte le a levélben.

Kiemelte: senki és semelyik tudományterület nem áll "üres támadások" alatt, és nincsenek "nyilvános számonkérések rosszindulatú, informálatlan és megalapozatlan vádak alapján". "Az akadémia és én magam teljes támogatást biztosítunk a filozófiai kutatásoknak, de a közpénzekkel a filozófusok is elszámoltathatóak" - írta.

Emlékeztetett arra: felmerült annak a gyanúja, hogy a kutatási támogatásokat három esetben esetleg nem a magyar törvényeknek és szabályoknak megfelelően használták fel. Tájékoztatása szerint ezek közül csak egy ügynek ismeri a részleteit, amelyben a belső ellenőrzési főosztály súlyos összeférhetetlenséget állapított meg.

A részletekkel kapcsolatban kitért arra: a Magyar Tudományos Akadémia Filozófiai Kutatóintézetének (FKI) korábbi igazgatója 70 millió forintos támogatást nyert a Nemzeti Kutatási és Technológiai Hivataltól (NKTH) egy meghatározott kutatási feladat elvégzésére, majd alvállalkozói szerződést kötött több magáncéggel, köztük a saját maga által tulajdonolt és vezetett betéti társasággal - vagyis önmagával - a munka elvégzésére.

"Ez Magyarországon számos szabály nyilvánvaló megszegésének számít. Föltételezem, hogy ilyen eljárást sem az Egyesült Államokban, sem Kanadában, sem bármelyik európai országban nem tűrnének el" - írta az MTA elnöke.

Pálinkás József emlékeztetett arra, a miniszterelnök kinevezett egy korrupciót, és a közpénzek szabálytalan felhasználását vizsgáló kormánybiztost, aki az NKTH támogatási gyakorlatát vizsgálva azt állította: bizonyítékot talált arra, hogy három szerződés esetében megsértették a pénzügyi szabályokat. A kormánybiztos a fenti esetekben ismeretlen tettesek ellen feljelentést tett kutatási támogatások szabálytalan felhasználása címén, innentől fogva a független magyar igazságszolgáltatás feladata eldönteni, hogy a fentiek bűncselekményeknek minősülnek vagy sem - tette hozzá.

Az MTA elnöke egyetért azzal a felvetéssel, hogy a világ minden támogatott kutatója sérülékeny a felszínes és alaptalan vádakkal szemben olyan laikusok részéről, akik nem értik a humán és természettudományos kutatásokat, és talán nem is hisznek ezekben, de - mint fogalmazott - a kutatási támogatások bárminemű szabálytalan felhasználása csak felerősíti ezt a sérülékenységet. Sajnos, nem tudom megerősíteni, hogy - legalábbis egy esetben - a vádak alaptalanok és felszínesek lennének - hangsúlyozta a levélben.

A nyílt levél aláírói azt is kérték a Magyar Tudományos Akadémiától, hogy álljon ki azonnal, nyomatékosan és egyértelműen a nyilvánosságban az így megtámadott kutatás és kutatók mellett. Pálinkás József erre úgy reagált: megtette, amit megtehetett, hogy csillapítsa a nyilvános felháborodást, de az akadémia nem tud ennél többet tenni.

Az Akadémia elnöke azt is írta: keményen dolgozik azért, hogy oldja az ellentéteket és megakadályozza ezek gerjesztését, de a Magyarország és a jelenlegi kormány elleni indokolatlan és indokolhatatlan vádaskodások nem segítik ebben a munkában, ahogyan álláspontja szerint nem segítik a filozófusokat sem, hogy problémáikat a közvélemény körében nyugvópontra juttassák.

Pálinkás József a levélben többször is leszögezte, hogy Magyarországon vélemény- és sajtószabadság van.

Az elmúlt hetekben több napilap is írt arról, hogy 2004-ben és 2005-ben hat pályamunkával összesen csaknem félmilliárd forinthoz jutott hozzá a Gyurcsány-kormány idején a Radnóti Sándor, Heller Ágnes, Vajda Mihály, Gábor György és Geréby György alkotta filozófusi kör. Néhány érintett filozófus abszurdnak, felháborítónak nevezték az őket ért vádakat.

A Magyar Hírlap később azt írta: a Nemzeti Kutatási és Technológiai Hivatal egy tanulmány elkészítésére három év alatt 70,5 millió forint, vissza nem térítendő támogatást nyújtott a filozófiai kutatóintézetnek.

Budai Gyula feljelentése alapján a Budapesti Rendőr-főkapitányság Gazdaságvédelmi Főosztálya először a 70,5 millió forintos NKTH- támogatás ügyében kezdett eljárást hűtlen kezelés bűntett elkövetésének megalapozott gyanúja miatt ismeretlen tettes ellen.

Ugyancsak az elszámoltatási kormánybiztos feljelentése nyomán január végén újabb két filozófuspályázat ügyében rendelt el nyomozást a rendőrség. A BRFK jogosulatlan gazdasági előny megszerzése és hűtlen kezelés gyanúja miatt nyomoz ismeretlenen tettes ellen két NKTH-s pályázat ügyében. Az egyik projektvezetője Vajda Mihály, a másiké pedig Heller Ágnes volt.

A filozófuspályázatok ügyével kapcsolatban tiltakozást fogalmazott meg a Magyar Filozófus Társaság, valamint a Német Filozófiai társaság elnöke, volt kulturális szövetségi államminiszter és Jürgen Habermas tiszteletbeli tag is.