Bár a lelkész egészségi állapota valóban megromlott (állítólag két infarktusa is volt), utóbb egyértelművé vált, hogy a vagyonkezelőnek azért kellett távoznia, mert egy, a papi pályának hátat fordító férfi feljelentést tett az egyházmegye gazdálkodásának vélt szabálytalanságai miatt, s a Vatikán ennek hatására W. Gyula menesztését várta Mayer Mihálytól, az akkori pécsi püspöktől. A feljelentés nyomán elindult a vizsgálat, s – vélhetően ennek is szerepe volt abban, hogy – 2011 januárjában Mayer is lemondott hivataláról.

A két évig tartó nyomozás után a Pécsi Törvényszéken szerdán indult W. Gyula büntetőpere. A vádirat szerint az egykori vagyonkezelő rendelkezett arról, hogy a pécsi egyházmegye alkalmazottai közül éveken át olyanok is adómentesen jutottak jövedelemhez, akik arra nem lettek volna jogosultak. A vádhatóság abban is W. Gyulát tartja felelősnek, hogy a pécsi püspökség egyik kft.-je – aminek a vádlott volt az ügyvezetője – mintegy 200 millió forint kárt okozott az egyházmegyének. A nyomozó hatóság könyvszakértője számos esetben áttekinthetetlennek találta az egyházmegye gazdálkodási rendjét, így nem tudni, hogy kik kaptak a püspökségtől 90 millió forintnyi munkáltatói kölcsönt, s hogy a pénzt az érintettek visszafizették-e. A fentiek okán az ügyészség jogosulatlan gazdasági előny megszerzésével, folytatólagos adócsalással, különösen nagy vagyoni hátrányt okozó hűtlen kezeléssel és a számviteli fegyelemmegsértésével vádolja W. Gyulát.

A vádlott a bíró kérdésére válaszolva azt mondta, hogy büntetőjogi felelősségét javarészt nem ismeri el. Vallomást csak írásban tett W. Gyula, s a bíró által felolvasott összegzésből kiderült, hogy a volt vagyonkezelő továbbhárítja a felelősséget, mivel szerinte nem ő döntött a pénzek –ügyészség által törvénysértőnek gondolt – kifizetéséről. A vélt szabálytalanságokban – amint azt W. Gyula állítja – szerepe volt felettesének, Mayer Mihálynak, az egymást követő püspöki helynököknek, a könyvelőknek, a pénztárosoknak. Az említetteket azonban a bíróság nem vádlottként, hanem tanúként hallgatja majd meg a következő tárgyalási napokon. Mindamellett W. Gyula védekezése nem életszerűtlen, hisz az egyházmegye gazdálkodásának szabálytalanságai miatt már 2010 előtt is több feljelentés érkezett a püspökhöz, ám ő ezek okán sosem indított belső vizsgálatot. Ebből a pécsi hívők közül sokan arra következtettek, hogy az egyházmegye első embere tudott a kifogásolt gyakorlatról, de eltűrte, vagy talán el is várta azt.

Pécs

A pécsi székesegyház