1928 és 1934 között Párizsban tanult közgazdaságtant, társadalomtudományokat, lélektant, s "Mák" álnéven a Francia Kommunista Pártban tevékenykedett. A harmincas évek végén Szondi Lipótnak, a "sorsanalízisről" elhíresült magyar pszichológusnak lett tanítványa. 1942-ben behívták munkaszolgálatra, ahonnan sikerült megszöknie, a Vörös Hadsereg egyenruhájában tért vissza Magyarországra.

Mérei nevét ma leginkább két népszerű, számtalan kiadást megért könyve őrzi, a Binét Ágnessel együtt írt Gyermeklélektan és az Ablaktól zsiráfig című képes gyermeklexikon. Mint pszichológus, tudományának csaknem valamennyi ágával foglalkozott: a gyermek- és fejlődéslélektan mellett a pályaválasztás pszichológiájával, pszichoterápiával, pszichodrámával, a pszichológiai vizsgáló eljárások, tesztek módszertanával és fejlesztésével, irodalmi művek és filmek pszichológiai elemzésével. Legfontosabb és nemzetközileg legismertebb kutatásait a szociálpszichológia területén végezte. Együttes élmény című munkája, amely egy óvodás gyermekekkel folytatott társadalomlélektani kísérleten alapult, 1947-ben jelent meg. Csaknem negyed századdal később, 1971-ben publikálta másik fő művét, a Közösségek rejtett hálózatát, amelynek fő témája a különféle csoportok társas kapcsolatait jellemző szerkezetek szociometriai vizsgálata volt.

Pedagógusként Méreinek 1945 után kulcsszerepe volt - különféle mozgalmi, társadalmi, szakmai és állami funkcióiban - a magyar oktatásügy és köznevelés demokratikus átszervezésére irányuló törekvésekben. A NÉKOSZ-mozgalom egyik szellemi irányítójaként, a Fővárosi Lélektani Intézet, majd az Országos Neveléstudományi Intézet vezetőjeként az ifjúsági közösségek önszerveződésének elvét hirdette, és szakmailag a gyermekek komplex (lélektani, szociológiai, pedagógiai) tanulmányozásának szükségességét hangsúlyozta.

A totális, központi irányításra berendezkedő, minden spontaneitást kiölő Rákosi-rendszernek természetesen nem kellett Mérei, akit 1949-ben még Kossuth-díjjal tüntettek ki, de 1950-ben minden funkciójától megfosztottak. Az 1956-os Petőfi Kör pedagógiai vitájának egyik fő követelése éppen Mérei rehabilitálása volt. A forradalom alatt az Egyetemi Forradalmi Bizottság egyik vezetőjeként tevékenykedett, majd részt vett a szellemi ellenállásban. 1958-ban hét évi börtönre ítélték, 1963-ban amnesztiával szabadult. A börtönben többnyire vécépapírra írt feljegyzései, amelyek utóbb Lélektani Napló címmel kerültek publikálásra, nem csak szakmailag fontosak, hanem a magyar börtön-irodalom legszebb, legmegrázóbb darabjai közé tartoznak.

1964-ben Mérei az Országos Ideg- és Elmegyógyintézetben kapott állást, és tizenkét éven át, nyugdíjazásáig vezette az intézet pszichodiagnosztikai laboratóriumát. Bár politikai "priusza" miatt hosszú évekig az egyetemnek küszöbét sem léphette át, magánszemináriumain, pszichodráma-csoportjaiban tanítványok hada vette körül, s ezek a csoportok az újjászerveződő magyar pszichológia legfontosabb műhelyeivé váltak. Könyvei, cikkei, előadásai, később rádió- és tévészereplései révén országos ismertségre tett szert.

Mérei sok fontos és maradandó művet alkotott, legnagyobb alkotása azonban a saját élete volt, amely kalandokból, bukásokból, nagy csalódásokból, nagy újrakezdésekből állt. Életfilozófiáját, amelynek fő elve a hitelesség volt, így fogalmazta meg egy interjúban: "Nem kell mindig jól járni, mert az élet egyszeri dolog, egyszer játszódik le, nincs benne pótvizsga." Ha kulcsszavakkal próbálnánk jellemezni Mérei és a második világháború utáni magyar történelem évtizedeit, az 1945-1948 közötti időszakról azt mondhatnánk: együttes élmény; az ötvenes-hatvanas évekről (1956 múló pillanatait kivéve) izoláció, depriváció. A hetvenes és nyolcvanas évekre talán a rejtett hálózat a legjellemzőbb: a spontán, informális kapcsolatok világa, ahová a központi szabályozás, a hivatalos értékrend, a hatalom nem jut el. Mérei a "rejtett hálózat" szenvedélyes prófétája volt - és ebben fejeződött ki oppozíciója a bürokratikus államszocializmus rendszerével szemben.

Mérei 1986-ban meghalt, s nem élhette meg a rendszerváltást, amelynek - a demokratikus ellenzék híveként - egyik szellemi előkészítője volt. Ha élne, nyilván számos újabb csalódást kellene elviselnie, s lenne elég oka a felháborodására. De ma is arra tanítana bennünket, hogy kétségbeesés helyett próbáljuk elemezni és megérteni mindazt, ami körülöttünk s a társadalomban zajlik, s hogy nyitott, akár gyermeki szemmel nézzünk a világra - "ablaktól zsiráfig".