A zöldek szerint a terv teljességgel figyelmen kívül hagyja azt, hogy a Duna nem kizárólag az áruszállítás igényeinek kell, hogy megfeleljen, hanem ökológiai értékeit is meg kell őriznie, és társadalmi elvárásokat is ki kell, hogy elégítsen. A WWF ezért arra kéri az Európai Bizottságot, hogy Magyarországnak ne adjon további támogatást a Duna hajózhatóságának fejlesztésére addig, amíg az ország nem keres lehetséges alternatív megoldásokat a lehető legkisebb ökológiai károkozásra.

A WWF szerint a Bizottságnak felelősségre kell vonnia Magyarországot, amiért nem készített olyan költség-haszon elemzést, ami nemcsak a mostani befektetést elemzi, hanem a hajóút fenntartási költségeit is, és minden a beavatkozások által okozott előnyt és kárt mérlegel. A természetvédelmi szervezet azt várja az Európai Bizottságtól, hogy megkívánja az előzetes vizsgálatok függetlenségét, és ne engedje az európai jogrend megsértését.

A WWF Magyarország szerint eddig is számtalan bírálat érte a szaktárcát, hogy a dunai hajóút fejlesztésével foglalkozó projekt során nemhogy a kérdéssel foglalkozó civil szervezetekkel és szakértőkkel nem egyeztetett, de még a társminisztériumokkal sem folytatott konstruktív együttműködést. Ez vezetett oda, hogy a 2007-ben elkészült előzetes javaslatokkal a terv készítője és a KHEM kivételével senki sem volt elégedett. Ennek ellenére a közlekedési tárca ugyanazzal a módszerrel folytatta tovább a munkát, aminek keretében jelenleg is zajlik az a tender, amely 2 milliárd forintot költ a különböző vizsgálatok lefolytatására a Szob alatti Duna szakaszon. A kivitelező, a korábbi terveket is kidolgozó Vituki (Vízgazdálkodási Tudományos Kutató Intézet) alig hat hónapos határidőt vállalt olyan előzetes vizsgálatok és tanulmányok elvégzésére, amit a WWF Magyarország véleménye szerint ilyen rövid idő alatt nem lehet kellő alapossággal elvégezni.

„Megengedhetetlen, hogy az előkészítést és az engedélyezést egy projekt keretében végezze el ugyanaz a kivitelező. Fennáll ugyanis a veszélye annak, hogy a Vituki a saját, társadalmi szervezetek és szakértők által korábban egyaránt sokat bírált koncepcióját fogja felhasználni anélkül, hogy alternatív megoldásokat keresne, és szóba kerülne bármilyen más javaslat." - jelentette ki Figeczky Gábor, a WWF természetvédelmi igazgatója.

A Szob feletti Duna-szakaszon a Környezetvédelmi és Vízügyi Minisztérium megbízásából már készült egy elemzés, amely bebizonyította, hogy a Vituki által tervezett beavatkozásoknak töredéke is elég a hajóút biztosítására. Ehhez hasonló elemzés elkészítésére lenne szükség a többi Duna szakaszon is. 

„Az európai joggal és joggyakorlattal ellentétes, hogy a tervezést és engedélyezést megelőzően nem készült stratégiai vizsgálat, és a hajózás fejlesztésének terve nincs összhangba hozva olyan Dunát érintő tervekkel, mint például a közös szlovák-magyar Duna szakasz rendezésének ügye." - fogalmazott dr. Kiss Csaba, az EMLA vezetője, a WWF környezeti jogi tanácsadója.

 A WWF úgy gondolja, hogy ha a kormány most úgy költ el 2 milliárd forintot, hogy nem mérlegeli mi kedvez leginkább a hazai szempontoknak, akkor a kivitelezés során több tíz- vagy akár százmilliárd forintot kell majd elköltenie úgy, hogy az valójában nem fogja szolgálni az ország érdekeit, sőt károkat is okoz. A kivitelezésnek, mely az előzetes becslések szerint is legalább 80-100 milliárd forintba kerül, csak a felét finanszírozná az Európai Unió. Nincs ez másképp a mostani két milliárd forint esetében sem, így a maradék 50 százalékot a magyar költségvetésnek kell biztosítania.