A magyarországi egészségügyi határérték szerint legfeljebb 50 mikrogramm klorofill lehet egy liter vízben. (A klorofill az algák mennyiségét jelző érték.) A tó legalgásabb területén, a Keszthelyi-medencében is literenként 20 mikrogramm alatt maradt a koncentráció, és ez az érték kelet felé haladva fokozatosan csökken.

A lebegő mikroszkopikus algák összetételét alapvetően az határozza meg, hogy mekkora a Kis-Balaton-tározórendszeren áthaladó Zala folyó vizének a nitrogén- és foszfortartalma. A tározórendszer hatására kevesebb nitrogéntartalom és relatív foszforbőség alakul ki a Keszthelyi-medence vizében, ami miatt nyaranta elszaporodnak a fonalas kékalgák (cianobaktériumok). Ez történt az idén is: keletről nyugat felé haladva egyre több fikocianint, azaz kékalgaszínanyagot lehet mérni a tóban, de ez nem éri el azt az értéket, amely bármiféle közegészségügyi kockázatot jelentene.

Az árvaszúnyogok rajzása idején a levedlett bábbőrök néhol habos lepedéket képeznek a parti övben, esetenként a nyílt vízen is. A kutatók jelentése kiemeli, hogy ez a szürkésfehér anyag kellemetlen kinézete ellenére semmilyen tekintetben nem veszélyezteti a fürdőzőket. A tó üledékében élő árvaszúnyogok (ezek nem csípnek) lárvái a lebegő mikroszkopikus algákkal táplálkoznak.
Korábban, a tó algákban gazdagabb, azaz szennyezettebb időszakában hatalmas árvaszúnyograjzások okoztak időszakosan kellemetlenséget a Balaton partján, de napjainkban a vízminőség javulásával erre nem kell számítani. Az árvaszúnyogok egyébként a tó élővilágának természetes részei.

A jelentés kitér arra is, hogy a Keszthelyi-medencében már egy évtizede megtelepedett az amuri kagyló. Ez a nagy testű, az iszapos fenekű vizeket kedvelő faj a kelet-ázsiai halak betelepítésével került Magyarországra, és először a keleti országrészben terjedt el. Keszthely térségében napjainkban tömeges pusztulásuk borzolja a kedélyeket. Hasonló jelenség kisebb-nagyobb mértékben korábbi nyarakon is előfordult. Védekezni nem lehet ellene – a strandok üzemeltetői az elpusztult egyedek rendszeres összegyűjtésével mérsékelhetik a kárt. A jelenség ökológiai szempontból nem kifogásolható, hiszen egy idegenhonos inváziós faj állománya gyérül egy olyan kórokozó miatt, amellyel szemben a Balaton őshonos kagylói ellenállóak.