A magas vízállás kiváló vízminőséggel párosul a Balatonban. Sehol sem észlelhető a tóban algavirágzás, ami fürdésre alkalmatlanná tenné a vizet – olvasható az MTA Ökológiai Kutatóközpont Balatoni Limnológiai Intézet gyorsjelentésében.

A magyarországi egészségügyi határérték szerint maximum 50 mikrogramm klorofill lehet egy liter vízben. Ezzel szemben a tó legalgásabb területén, a Keszthelyi-medencében 20 mikrogramm/liter alatt maradt a koncentráció, és keleti irányban még fokozatosan csökkent is.

A tó üledékében élő árvaszúnyogok (nem csípő szúnyogok) lárvái a lebegő mikroszkopikus algákkal táplálkoznak. Korábban, a tó algákban gazdagabb, azaz szennyezettebb időszakában hatalmas árvaszúnyograjzások okoztak időszakosan kellemetlenséget a Balaton partján üdülők számára, de napjainkban a vízminőség javulásával erre nem kell számítani. Mindenesetre az árvaszúnyogok a tó élővilágának természetes részei. A rajzásuk idején a levedlett, úgynevezett bábbőrök néhol habos lepedéket képeznek a parti övben, esetenként a nyílt vízben is. Ez a szürkésfehér anyag kellemetlen kinézete ellenére semmilyen tekintetben nem veszélyezteti a fürdőzőket, csupán levedlett rovarpáncélok tömegéből áll.

A Keszthelyi-medencében már egy évtizede megtelepedett az amuri kagyló. Ez a nagy testű, az iszapos fenekű vizeket kedvelő faj a kelet-ázsiai halak betelepítésével került hazánkba, és először a keleti országrészben terjedt el. Keszthely térségében napjainkban tömeges pusztulásuk borzolja a kedélyeket. Hasonló jelenség kisebb-nagyobb mértékben korábbi nyarakon is előfordult. Védekezni nem lehet ellene – a strandok üzemeltetői az elpusztult egyedek rendszeres összegyűjtésével mérsékelhetik a kárt. Az intézet jelentése szerint a jelenség ökológiai szempontból nem kifogásolható, hiszen egy invazív faj állománya gyérül.