Az EU-ban jelenleg két génkezelt haszonnövény termesztése engedélyezett, az egyik a Monsanto Mon810 nevű gyomirtószer-rezisztens kukoricája, a másik az Amflora burgonya. Az utóbbit kifejezetten ipari célokra állították elő: a kétféle burgonyakeményítő közül csak az egyiket, a papír- és ragasztógyártás szempontjából hasznos amilopektint tartalmazza, ezért a feldolgozás során nincs szükség a két anyag szétválasztásának költségigényes eljárására. A problémát azonban nem ez, hanem egy másik mesterséges tulajdonság okozza: az Amflorában egy olyan jelzőgén van, amely ellenállóvá teszi a növényt az antibiotikumokkal szemben, és amely a táplálékláncba kerülve más élőlényekben (így akár az emberben is) kialakíthatja az antibiotikum-rezisztenciát.

A jelző- (marker) gének arra szolgálnak, hogy a génmanipulációs eljárásnak alávetett növények közül a segítségükkel ki lehessen választani azokat, amelyekbe a beültetett transzgén átkerült. Erre a leggyakrabban az antibiotikumokkal szembeni ellenálló képesség génjét használják: a növényeket lepermetezik antibiotikummal, és amelyik túléli, abban biztosan benne van a jelölőgén (meg a másik is, ami blokkolja az amilóz, vagyis a „haszontalan” keményítő előállítását). Hogy a növény antibiotikum-rezisztenciája veszélyes lehet-e más állatokra, illetve az emberre, arról megoszlanak a vélemények: a WHO szerint igen (az ENSZ egészségügyi szervezete ezért ajánlást is megfogalmazott annak érdekében, hogy az ilyen jelzőgént tartalmazó haszonnövények ne kerüljenek ki a környezetbe), az Európai Gyógyszerfelügyelet szerint viszont nem, és az EFSA az utóbbi véleményére hallgatott, amikor 2010-ben hozzájárult az Amflora európai termesztésének engedélyezéséhez (a magyarázat szerint az emberek és a haszonállatok bélflórája már rezisztens azokra az antibiotikumokra, amelyekkel szemben az Amflora is ellenálló, a tbc antibiotikum-rezisztenciája pedig a hatóság szerint nem a gyógyszerek vagy a génmanipuláció következménye, hanem természetes mutációké). Érdemes megjegyezni, hogy ebben az ügyben az EU korántsem volt következetes: a 2001/18/EK irányelv szintén a kockázatokat érzi erősebbnek a lehetséges előnyöknél, ezért kimondja, hogy az antibiotikumokkal szembeni ellenálló képességet hordozó jelzőgént tartalmazó szervezeteket 2008. december 31-ig ki kell vonni a forgalomból.

Az Amflora – éppen a magas keményítőtartalma miatt – emberi fogyasztásra nem alkalmas, éppen ezért ipari célú felhasználásra engedélyezték. A dokumentáció szerint azonban a gyártás során keletkező pépes maradékanyagot takarmányként már felhasználhatják, márpedig ezen az úton a veszélyes gén bekerülhet a táplálékláncba.

A génkezelt burgonyát végül Svédországban, Németországban és Csehországban kezdték termeszteni, minimális vetésterületen. Mivel a piac nem fogadta kedvezően, a BASF egy évvel ezelőtt bejelentette, hogy kivonja az EU-ból. Ez a lépés ugyanakkor nem függesztette fel az engedélyezéssel kapcsolatos jogi eljárásokat. Magyarország, Ausztria és Luxemburg 2010 tavaszán nemzeti hatáskörben termesztési tilalmat rendelt el, az Európai Bíróságon pedig pert indított a bizottság ellen azzal az indokkal, hogy a testület az engedély kiadásakor nem vette figyelembe a tagállamok ellenérveit, illetve a fentebb említett EK-irányelvet. A keresethez utóbb Franciaország és Lengyelország is csatlakozott (a bírósági ügy még folyamatban van). Közben az érintett tagállamok benyújtották az EFSA-nak azokat a tudományos indoklásokat, amelyek alapján a környezetre és az egészségre veszélyesnek ítélték az Amflora termesztését. Az európai élelmiszer-biztonsági hatóság most úgy döntött, hogy a magyar beadvány nem tartalmaz olyan új tényt vagy összefüggést, ami alapján a 2010-ben kiadott uniós engedélyt felül kellene vizsgálni. Most tehát az a helyzet, hogy az EFSA sem a Mon810 kukoricafajta termesztésére kihirdetett moratórium magyar indoklását, sem az Amfloráét nem fogadja el – miközben a Mon810 termeszthetősége érdekében komoly nyomás nehezedik az uniós és a magyar hatóságokra, az Amflorát viszont már a „gyártó” sem kívánja az unióban forgalmazni.

Időközben az egyik érintett állam, a jelentős burgonyaexportőrnek számító Lengyelország Magyarországhoz hasonlóan deklarálta a GMO-mentességet (vagyis azt, hogy nem engedélyezi génkezelt növények termesztését), megváltoztatva az uniós erőviszonyokat: immár nincsenek abszolút többségben azok az államok, amelyek a GMO-liberalizációt pártolják, így újabb génmódosított haszonnövények európai engedélyezésére a közeljövőben kicsi az esély.