Áramvonalasított tudomány
Pálinkás maga is utalt rá, hogy az MTA állami finanszírozása (vagyis a midenkori GDP-hez mért költségvetési támogatás) 2002 óta folyamatosan csökken – végső soron ez tette szükségessé, hogy az Akadémia legköltségesebb ágazatához, az intézményhálózathoz is hozzányúljanak. Az elnök az idei májusi közgyűlésen jelentette be az átszervezést, majd május 18-án az Akadémiai Kutatóhálózat Vezetőinek Tanácsa (AKVT), azaz valamennyi intézet igazgatója elé terjesztette a terveket. A javaslatot ismertette az Akadémia elnökségével és az Akadémiai Kutatóintézetek Tanácsával (AKT) is. Közben a főtitkár és a főtitkárhelyettes tárgyalásokat folytatott a kutatóintézetek igazgatóival, így vált véglegessé a stratégia, amelyet majd a decemberi akadémiai közgyűlés fogad el (az új intézményrendszer 2012 januárjától működik).
Azt tehát nem lehet mondani, hogy minden a kutatók és az intézetvezetők feje felett történt, az viszont biztosan állítható, hogy az átalakítás így sem úszható meg jelentős érdeksérelmek, illetve nehezen megmagyarázható lépések nélkül. Utóbbiak sorába tartozik, hogy bár létrejön egy önálló bölcsészettudományi kutatóközpont, „bekebelezve” a szakterülethez tartozó intézményeket, a Nyelvtudományi Kutatóintézet önállósága megmarad (ehhez egyes információk szerint kellett az ország első számú nyelvőrének, Schmitt Pálnak a közbenjárása is). Ami pedig az érdeksérelmeket illeti: Pálinkás hangsúlyozta, hogy az intézetigazgatók mandátumát az átszervezés alapszabályként nem érinti, érzékeltette ugyanakkor, hogy egyes vezetői megbízások visszavonására sor kerülhet (egyébként pedig a kutatóközpontokba besorolt intézetek első emberei igazgatók maradnak ugyan, ám a magasabb vezetői besorolásukat elveszítik).
Az átalakítás rendező elve a „racionális üzemméret” kialakítása: az elnök szerint a kisebb, 20-30 fős intézmények nem működtethetők gazdaságosan, nincs elegendő forrásuk pályázati önrészre, adminisztrációra. Fontos cél az intézményhálózat szétaprózottságának csökkentése is. A jelenleg 38 intézetből és két kutatóközpontból álló rendszer lényegesen leegyszerűsödik: az átalakítás végén öt önálló kutatóintézet, kilenc kutatóközpont és nyolc egyéb költségvetési szerv (kiszolgáló és háttérintézmény) marad. Megőrzi önállóságát a Szegedi Biológiai Központ (SZBK), a Kísérleti Orvostudományi Kutatóintézet (KOKI), az erős paksi és MTA-elnöki hátszéllel rendelkező Atommagkutató Intézet (Atomki), a Rényi Alfréd Matematikai Kutatóintézet (RAMKI), a Számítástechnikai és Automatizálási Kutatóintézet (SZTAKI), illetve a már említett Nyelvtudományi Intézet. Emellett létrehoznak egy-egy ökológiai, energetikai, agrártudományi, csillagászati és földtudományi kutatóközpont, közgazdasági és regionális, multidiszciplináris természettudományos, társadalomtudományi, bölcsészettudományi, illetve szilárdtest- és lézerfizikai kutatóközpontot.
Az átszervezés egyértelmű vesztese a társadalomtudományi terület. Az egyes centrumok között változatlanul jelentős méretkülönbség marad: a legkisebb 77, a legnagyobb több mint 360 fős lesz.
Pálinkás József határozottan cáfolta azt a napokban felröppent hírt, amely szerint az Akadémia fölé a kormány miniszteri biztost vagy kormánybiztost állít. Szerinte ezt a törvények nem is teszik lehetővé (az MTA jelenleg közvetlenül a parlament alá tartozik, ezért az Akadémián a költségvetési zárolásokat is csak a költségvetési törvény módosításával lehetett megoldani). Igaz, ez a jelen viszonyok között nem jelent örök garanciát – viszont a mostani felállásban, amikor a tudományos köztestületet a kormányfő bizalmi embere vezeti, valójában nem is lenne értelme a kormányzati felügyeletnek.