Annak eldöntéséhez, hogy e parányok hol helyezkednek el a törzsfán, korábban laboratóriumban kellett szaporítani őket, így volt kinyerhető ugyanis belőlük elegendő DNS a genetikai elemzéshez. Komoly problémát jelent azonban, hogy túlnyomó többségük laboratóriumban nem tenyészthető. Jelenleg ők képezik az élővilág ismeretlen, sötét anyagát. A mai technikákkal azonban már kinyerhetők és megfelelő mennyiségben felszaporíthatók az egysejtű szervezetek örökítő anyagának kulcsfontosságú szakaszai. Ezen DNS-szakaszok elemzésének segítségével (ma már) olyan mikroorganizmusok is elhelyezhetők a törzsfán, amelyeket egyelőre nem sikerült tenyészteni.

Jonathan Eisen kaliforniai kutató tengervízmintákból olyan génmintákat mutatott ki, melyek alapvetően különböznek minden eddig ismert génsorrendtől. A biológia sötét anyagának feltérképezése céljából Eisen, Craig Venter (az emberi genomot létrehozó genetikusok egyike) és kollé gáik az elmúlt nyolc évben tengervízmintákat gyűjtöttek a világ minden tájáról. A mintákat metagenomikának nevezett technikával elemezték. Emódszerrel bármilyen, a természetből származó DNS-minta tanulmányozható.

A vizsgálat – melyről a New Scientist adott hírt – gének két, eddig ismeretlen szupercsaládját fedezte fel. A kutatók most azt szeretnék meghatározni, milyen élőlényből származnak. Eisen két lehetőséget valószínűsít: vagy szokatlan vírusokat képviselnek, vagy a törzsfa teljesen új ágát.

Az elképzelést elég vegyesen fogadták a kutatók. Radhey Gupta kanadai kutató szerint más magyarázat is lehet az újfajta gének eredetére. Származhatnak szokatlan élőhelyen megtelepedett sejtes szerveződésű élőlényektől, melyek génjei éppen az egyedi környezet hatására gyors evolúción mentek keresztül és ezért tűnik úgy, hogy a törzsfa minden más élőlényétől nagyon régen elkülönült fejlődési vonalat képviselnek.

Eric Bapteste francia kutató kevésbé szkeptikus. Ő elképzelhetőnek tart teljesen új típusú élőlényeket. Szerinte további vizsgálatok dönthetik el, hogy egy szokatlan szekvencia viszonylag gyors kifejlődéséről van szó, vagy egy teljes egészében bizarr genetikai állományú sejtes élőlényről.

Ha Eisen génszekvenciáiról kiderülne, hogy egy új élőlénycsoportból származnak, a törzsfát nem először kéne átrajzolni. Az 1990-es évekig csak két nagy ága volt. A jelenlegi három fő ágon – baktériumok (jórészt extrém élőhelyeken fellelhető), archeák vagy ősbaktériumok és eukarióták (idetartoznak a növények, az állatok és a gombák) – túl az Eisenék új génjeit tartalmazó lények alkothatják a negyediket.