Az evolúciós elmélet két egymással szorosan összefüggő, ám egymástól elválasztható részből áll. Az első a fajok rendszertanának a magyarázata. Régi megfigyelés, hogy ha a külalaki (fenotípusos) hasonlóság alapján válogatjuk szét a fajokat, az ismert származási hierarchiát, a „rendszertani fát” kapjuk. Ezért van az, hogy a legtöbb gerincesfaj jobban hasonlít egymáshoz, mint bármely gerinctelen fajra, a legtöbb emlősfaj jobban hasonlít egymásra, mint bármely hüllőre, és így tovább. Arra, hogy ez miért van így, Darwin származástani hipotézise ad választ: a hasonló külalakú fajok viszonylag közeli közös őstől származnak. A csimpánzok például némiképp emlékeztetnek ránk, emberekre, ám ezzel Isten nem gúnyt akart űzni velünk vagy a csimpánzokkal, csupán arról van szó, hogy a két faj ugyanannak a viszonylag nem túl távoli primitív főemlősnek a leszármazottja.

Egybehangzó vélemények szerint Darwinnak ebben majdnem biztosan igaza volt. Vannak elfogadható kivételek, nevezetesen az evolúciós hasonlóvá válásból adódó hasonlóságok, ám különböző szakterületek (genetika, evolúciós fejlődésbiológia, paleontológia) bizonyítékai minden kétséget kizáróan elismerik Darwin érdemeit a fajok rendszertanának felállításában, és ezt a szerzőpáros sem vitatja.

Az azonban nem magától értetődő, hogy a közeli közös őssel rendelkező fajok általában miért hasonlóak megjelenésükben. Erre a kérdésre Darwin természetes szelekciós elmélete hivatott választ adni. A darwinisták szerint a természetes szelekció biztosítja az evolúció mechanizmusát oly módon, hogy a fenotípusos tulajdonságok generációról generációra öröklődnek. Ha igaz, ez magyarázatként szolgálhat arra a kapcsolatra, ami a fenotípusos (vagy alaki) hasonlóság és a közös ős között áll fenn. Mi több, általánosságban, azaz bármely fajra nézve is igaz kell hogy legyen, függetlenül attól, hogy az adott faj hogyan néz ki. Ráadásul módfelett egyszerű. Gyakorlatilag a tulajdonságátadás mechanizmusa a következőket kívánja meg: olyan genotípusos variánsok véletlenszerű kialakulását, amelyek létrehozzák a megfelelő, véletlenszerű fenotípusos variánsokat, valamint egy környezeti szűrőt, mely ez utóbbi tulajdonságok között „válogat” az egyedek környezethez való illeszkedése alapján.

Nos, a két amerikai szerző ennek az igazságát kérdőjelezi meg. Számos, és növekvő számú elképzelés azt sugallja, hogy Darwin ebben esetleg tévedett. Fodorék részletesen bemutatják könyvükben a természetes szelekció ellen szóló érveket és bizonyítékokat.

A természetes szelekció a következőképpen működik: az egyes generációk egyedei örökítőanyaguk nem tökéletes példányát – következésképpen nem tökéletes fenotípusát – adják tovább utódaiknak. A neodarwinizmus szerint ezek a tökéletlenségek főként a kérdéses faj tagjainak örökítőanyagában bekövetkező mutációkból adódnak.

Az a baj, hogy a tulajdonságátadási mechanizmus, mely a fenotípus változásait eredményezi, véletlenszerű. Tegyük fel például, hogy egy fajra egy bizonyos szín a jellemző, valamint azt, hogy ennek a fajnak az x-edik generációjában élő egyedeinek a színe barnáspiros. Tételezzük fel azt is, hogy a fenotípust generációról generációra átörökítő mechanizmus most sem tökéletes. Amennyiben csak ez az egy tényező változik, az x+1-edik generáció színe véletlenszerű eloszlást mutat a szülői generáció átlagos színe körül: a legtöbb utód többé-kevésbé úgy néz majd ki, mint a szülők, ám lesznek pirosabbak és lesznek barnább egyedek is.

Ez a feltételezés magyarázatot ad a fenotípusos jellemzők véletlenszerű időbeli változására, ám arra nem, hogy ezek a fenotípusos tulajdonságok miért alakulnak ki. Tegyük fel azt is, hogy az adott fajnak otthont adó környezetbe jobban „illenek” a barnás egyedek, mint a pirosak. Az egyszerűség kedvéért az „illik” kifejezésen most azt értjük, hogy az az egyed adja át leginkább fenotípusos tulajdonságait utódjának, amelyik a legjobban illik a környezethez. Bizonyos fogalmi és matematikai korrekciók után, ha minden más tényező változatlan, az idő előrehaladtával a faj fenotípusos illeszkedése általában nő, és az egyes generációk külsejüket tekintve a közeli ősökhöz jobban hasonlítanak, mint a távoliakhoz.

Első megközelítésben ez a neodarwinista magyarázat a fenotípusok változására. Ahhoz, hogy biztosak lehessünk a dolgunkban, szükség van azonban néhány kifogásra. Például még az ortodox darwinistáknak is feltűnt, hogy számos olyan eset van, amikor az illeszkedés az idő múlásával nem fokozódik. Például csökkenhet, ha egy populáció indokolatlanul nagy létszámot ér el (ilyenkor lép működésbe a sűrűségtől függő szelekció), vagy amikor egy faj eléri az „illeszkedési plafont” és megreked „az illeszkedési fejlődés” egy adott szintjén, vagy amikor egy faj kihal. Az ilyen esetek nem azt bizonyítják, hogy a neodarwinizmus tévedne, csak azt, hogy a „minden más tényező változatlan” kitételt is komolyan kell venni.

A szerzők szerint Darwin túlértékeli a környezet hatását egy faj fenotípusának meghatározásában, és ennek megfelelően alábecsüli a belső változók szerepét. Darwin szerint csupán a véletlenszerű variációk játszanak szerepet a szülői és utódnemzedékek külalaki különbözőségében. Minden nem véletlenszerű változó a környezetből jön. Tegyük fel, hogy a nagy tudós tévedett, és számos belső tényező is hatással van az adatokra. Ha ez igaz, akkor a környezeti szűrőnek kevesebb szerep jut. A neodarwinisták egyetértenek abban, hogy az evolúció a környezet véletlenszerű változásának, valamint a strukturált környezeti szűrők hatásának az eredménye, ám ez a konszenzus változhat. A szerzők könyvükben a tulajdonságátadásra ható sokféle és nagyszámú nem környezeti kényszerítő hatást sorolnak fel. Ilyen kényszerítő erők például a fizikai és kémiai, azaz a molekuláris kölcsönhatások, a gének, vagy az önszerveződés univerzális törvényei, a minimális energiaráfordítás vagy az optimális „csomagolás”.

Az evolúció széles intervallumában ezeknek a kényszerítő tényezőknek a kölcsönhatásából sokféle életképes fenotípus alakult ki, melyek mindegyike élet- és szaporodóképes. Lényeges azonban, hogy az evolúciós folyamatokat ebben az esetben nem a túlélésért és/vagy a szaporodásért folytatott harc irányítja. Vannak tulajdonságok (például szárnyas disznók), amelyek nem a környezeti szűrők hatására nem alakultak ki, hanem egyszerűen a fiziológiai és fejlődési mechanizmusok eredményei. Akkor tehát hányféle kényszerítő erő hat a fenotípusok evolúciójára a környezeti szűrőn kívül? Ezt senki nem tudja. Viszont az alakulóban lévő kép szerint nagyon sokféle, sokféleképpen és különböző szinteken ható erők léteznek. Ezt támasztja alá az evolúciós fejlődésbiológia és az az elmélet, mely szerint genetikai szabályozás áll a fejlődés hátterében.

A természetes szelekció kizárólagosságát és dominanciáját egyre több cikkben kérdőjelezik meg, és Fodorék szerint az ilyen következtetésre jutó anyagok száma a jövőben várhatóan tovább nő.

A darwinisták azt állítják, hogy az evolúciót a fenotípusos tulajdonságok szelekciója magyarázza, melyre a környezeti szűrők hatnak. Ám a belső (endogén) összefüggések hatása ellentmondhat ennek az elméletnek. Tegyük fel, hogy T1 és T2 tulajdonságok oly módon függnek össze egymással, hogy ha egy élőlény rendelkezik az egyikkel, akkor rendelkezik a másikkal is. A természetes szelekció elmélete szerint a fenotípusos tulajdonságok a környezethez való illeszkedés alapján szelektálódnak, azaz az illeszkedésre kifejtett hatásuk alapján. Viszont elképzelhető, hogy a két összefüggő tulajdonság közül az egyik illeszkedik a környezethez, a másik viszont nem. Az egyik tulajdonság megléte hatással van az illeszkedésre, a másik nincs. Tehát az egyik kiszelektálódik, a másik meg „potyautas”. A szerzők, miután a potyautasságot gyakori jelenségnek tartják, azt hangsúlyozzák, hogy minden ilyen eset a természetes szelekció ellenpéldája. A jelenség azt mutatja, hogy nem igaz az az általános nézet, mely szerint a fenotípusos tulajdonságok a környezethez való illeszkedésre kifejtett hatás alapján szelektálódnak. Csak annyit lehet kijelenteni, hogy a természetes szelekció egyes fenotípusos tulajdonságokat valóban ez alapján szelektál ki, a többit viszont más okból. Már ha van egyáltalán ok.

A legtöbb ember nem kérdőjelezi meg az evolúciót, a korábban feszegetett probléma azonban mégsem csak a biológusok érdeklődésére tarthat számot. A természetes szelekció a biológián kívül számos egyéb tudományágra hatással van: a filozófiára, a pszichológiára, az antropológiára, a szociológiára, de még az esztétikára és a teológiára is. Mivel sokan tartják a jelenséget kikezdhetetlen egyetemes tételnek, Fodorék szerint lényeges lenne felülvizsgálni és eldönteni, hogy a természetes szelekció az eddig vallott formában valóban igaz-e. Ennek elősegítése céljából írták meg nemrégiben megjelent és a témához elfogulatlanul álló könyvüket, és nyilván tisztában vannak azzal is, hogy tudományos körökben nem kis port kavarnak majd művükkel.

Nem minden következő generációnak átadott tulajdonság szelektálódott ki a környezethez való illeszkedési értéke alapján