Az intézmény Magyarország és a Pannon ökorégió teljes növényvilágát – az élelmiszerként felhasznált és a vadon élő növények sokféleségét – egy helyen, a leghatékonyabban, valamint költségtakarékos módon, a meglévő tudást és a kiépített infrastruktúrát optimálisan felhasználva közkincsként fogja megőrizni.

A Pannon Magbankban a begyűjtött magmintákat szárítva, hűtve tárolják. A teljes biztonság érdekében minden magból őrizni fognak egy példányt a vácrátóti Ökológiai és Botanikai Kutatóintézetben is. Lesz azonban egy nagyon fontos harmadik sorozat is – ez az Aggteleki Nemzeti Park területén található, Esztramos hegy hajdani ércbányajáratába kerül, amely természeti katasztrófa esetén is teljes biztonságot nyújt. A Pannon Magbank tápiószelei és vácrátóti gyűjteménye a nagyközönség számára is megtekinthető lesz.

Az öt0éves program végére a szakemberek a hazai, őshonos vadon élő növények ötven százalékát (legalább 800 növényfajt) szeretnék begyűjteni. A Pannon Magbank egyrészt biztonsági tárolóként szolgál, hogy a veszélyeztetett növényfajok vadon élő populációi váratlan kár vagy környezeti katasztrófa miatt bekövetkező hirtelen pusztulás vagy csökkenés esetén se pusztuljanak ki.