A rendkívül sekély, mindössze 1,6 méteres átlagos vízmélységű tó nagymértékben ki van téve a természet szeszélyeinek: a csapadék és a hőmérséklet függvényében egy éven belül közel egyméteres vízszint-ingadozás is előfordulhat. Az alacsony vízszint idején az amúgy is magas ásványtartalmú víz erősen „besűrűsödik”, a parthoz közeli sekély, gazdag élővilágú területek szárazra kerülnek, a növényzet sorvadni kezd. Ráadásul a kis víz nyáron a kelleténél jobban fel is melegszik, ami a tó mikrofl órájában és -faunájában is kedvezőtlen folyamatokat indít el. Mindezek megelőzésére a vízügy – szezontól függően – 130 és 170 centiméter között igyekszik tartani a vízszintet. A szabályozás eszköze a tavat tápláló Császár-víz, illetve annak két tározója Pátkán és Zámolyon, valamint a „leeresztőszelepként” működő, zsilippel zárható Dinnyés-Kajtori csatorna. A felső tározókból öszszesen 12 millió köbméternyi vizet lehet a tómederbe engedni (összehasonlításul: 150 centiméteres vízmagasság idején a tóban 40 millió köbméternyi víz van).

A vízszint jelenleg 152 centiméter (annak ellenére, hogy a tél az átlagosnál csapadékosabb volt), a mostani másfél hónapig tartó beavatkozással a tavaszi időben optimálisnak tekinthető 160–165 centiméteres szintet kívánják megcélozni.