A sárgabóbitás kakadut 2007-ben nyilvánították súlyosan veszélyeztetetté. A faj rohamos pusztulásáért az erdőirtás, az orvvadászat és újabban a növényvédő szerek tehetőek felelőssé. A legfrissebb becslések szerint már csak kevesebb mint 7000 példány él belőlük. A madarak feketepiaci ára átszámítva egyenként több mint 260 ezer forint.

Az indonéziai Észak-Halmaherában évente mintegy 10 ezer papagájt (köztük lórikat és kakadukat) fognak be az orvvadászok, ám a madarak negyven százaléka (1000-ből 400) elpusztul, mielőtt a hazai és a nemzetközi illegális piacra kerülnének. Az orvvadászok nem bánnak kesztyűs kézzel a veszélyeztetett állatokkal, rendszerint kegyetlen körülmények közt szállítják őket, ahogy történt ez a most lefoglalt 24 példánnyal is, amelyeket óvatosan ki kellett vágni a palackokból.

A legtöbb papagájfaj nemzetközi kereskedelme tilos, kivéve, ha fogságban tenyésztett példányokról van szó, és az országok engedélyezik az exportot.

A sárgabóbitás kakadu nagyon lassan szaporodik, évente egyszer költ, és maximum két tojás kerül egyszerre a fészekbe. Az illegális befogás nagy gondot okoz a Rawa Aopa Watumohai Nemzeti Parkban, illetve Buton és Kadatua szigeteken, de állítólag jelentősen csökkent a csapdák száma Sumbán.