A cégnél a folytatódó visszaesést a vegyi anyagok keresletének csökkenésével magyarázták, és egész évre is a tavalyinál kisebb eredményt jósoltak. A bevétel 7,5 százalékkal 7,895 milliárd euróra fogyatkozott 8,536 milliárdhoz képest. Az elemzők 8,06 milliárdot vártak most. A gyógyszergyártó-egészségvédelmi részleg forgalma 3 százalékkal gyarapodott, a növényvédőszereké 7,2 százalékkal nőtt, a vegyipari részleg értékesítése azonban gyorsuló ütemben, már 34,9 százalékkal csökkent éves összehasonlításban, a megrendelő autó- és építőipar válsága miatt.

Mindenesetre a magas energia- és nyersanyagköltséggel sújtott tavalyi év átlagához képest lassult a profit csökkenése: tavaly a Bayer adózott eredménye 63,5 százalékkal 1,719 milliárd euróra csökkent a 2007-es 4,711 milliárdról, a bevétel 1,6 százalékkal 32,918 milliárd euróra nőtt 32,385 milliárdról. A Bayer 2006 elején megszerezte az ugyancsak német Schering gyógyszergyárat, a szájon át szedhető fogamzásgátlók legnagyobb gyártóját a világon. Az ügylet a tervezettnél többe, 17,1 milliárd euróba került a Bayernek, ez volt a legnagyobb felvásárlása 142 éves történetében, de reméli, hogy ezzel piacvezető lehet a világ nagy részén különleges készítményekből.

A Scheringre a szintén német Merck KGaA gyógyszergyár is pályázott, de az első ajánlati határidő előtt visszalépett, és a korábban felvásárolt Schering-részvényeit drágábban eladta a Bayernek. A Bayer eredeti, a Schering-vezetés által elfogadott ajánlata 16,3 milliárd euró volt, részvényenként 86 euró. A Merck versengő, részvényenként 77 eurós, összesen 14,6 milliárd eurós ajánlatát a Schering korábban elutasította, de utána a Merck 21,8 százalékot vásárolt a Scheringből a tőzsdén, és az átlagosan 86,88 euróért vásárolt részvényeket csak egyenként 89 euróért adta át a Bayernek. Így a Bayer a többi részvényesnek is kénytelen volt a magasabb árat megfizetni.

A profiltisztítás folyamatában a német Siemens szintén 2006-ban 4,2 milliárd euróért megvette a Bayer gyógyszergyár diagnosztikai és laboratóriumi berendezéseket gyártó részlegét. Az ügylet illeszkedett a Siemens vezetőinek elképzelésébe, hogy létrehozzák a világ első számú integrált diagnosztikai vállalatát. E terjeszkedéssel a Siemens erős versenyt támaszt a holland Philipsnek, amely hasonló célra törekszik. A Bayer 2000 óta igyekszik karcsúsodni, főleg egyes vegyipari tevékenységeitől vált meg. Az átalakítások révén kilábalt a válságból, amelyet a Baycol/Lipobay koleszterincsökkentő szere okozott. Ezt 2001-ben ki kellett vonni a forgalomból, miután egészségkárosodásokkal és több halálesettel hozták kapcsolatba.