A bíróság megállapította azt is, hogy a megállapodást a bányajáradék későbbi emelésével együtt sem lehet állami támogatásnak minősíteni a Mol esetében. A 2005-ben kötött megállapodás értelmében a Mol minden termelésbe állított olaj- és gázmező után 15 éven át a kitermelt ásványkincsek értékének 12,24 és 12,6 százalék közötti részét fizette be a költségvetésbe járadékként a törvényben akkor rögzített 12 százalék helyett. 2007-ben viszont az Országgyűlés a járadékot 12-ről 30 százalékra emelte, ami viszont a 2005-ös megállapodás értelmében a Molra nem vonatkozott.

Az Európai Bizottság szerint a megállapodással, majd a járadékemeléssel az állam az egységes piaccal összeegyeztethetetlen, tiltott állami támogatást nyújtott a vállalatnak, amellyel összesen több mint 30 milliárd forintot akart befizettetni emiatt a büdzsébe. Ennyire taksálták ugyanis azt az előnyt, amelyre a Mol a megállapodás révén szert tett.

Első fokon a bíróság megsemmisítette a bizottság erre vonatkozó határozatát, de a brüsszeli testület fellebbezett, s arra hivatkozott, hogy a törvényszék nem jól értelmezte a szelektív előny fogalmát. A bírák mindazonáltal másodfokon is úgy ítélték meg, hogy ezzel az állam nem juttatta szelektív előnyhöz a Molt, mert nem tekinthető ilyennek az a puszta tény, hogy az államnak mérlegelési jogköre van a járadék megállapításakor, s az sem, hogy a cég és az állam erről tárgyalásokat követően megállapodást kötött.

A megállapodás alapvetően a bányászati jogok meghosszabbításáról szólt, s a bíróság azt is megállapította, hogy ezt a magyar törvényi szabályozás objektív feltételekhez köti, amelyek minden gazdasági szereplőre azonosan alkalmazandók, ezért sem lehet a Molnak nyújtott szelektív előnyről beszélni. A bíróság abban is állás foglalt, hogy a Mol és az állam megállapodása, és a bányajáradék későbbi emelése nem tekinthető egy támogatási intézkedésnek. Vagyis nem arról van szó, hogy az állam és az energiavállalat azért kötött volna 2005-ben megállapodást, mert már akkor tudták, hogy emelkedni fog a járadék, és ettől kímélték volna meg a céget az egyezség révén, miközben a cég versenytársait a magasabb járadék sújtja.