A szaktárca közleménye szerint az európai uniós forrásból megvalósuló egyes beruházásokhoz az Európai Bizottság egyedi jóváhagyása szükséges. Az Európai Bizottság az M43 autópálya Szeged és Makó közötti szakaszának megépítése, valamint a Budapest-Kelenföld-Székesfehérvár-Boba vasútvonal átépítése projektek támogatása tekintetében olyan határozatokat hozott, amelyekben a projektek megvalósításával egyetértett, ugyanakkor a vissza nem igényelhető áfa összegét kizárta az uniós forrásból finanszírozható költségek köréből.

E határozatokat a kormány az első fokon eljáró európai bíróság – mai nevén az Európai Unió Törvényszéke – előtt megtámadta, kérve a le nem vonható áfa finanszírozásának megtiltására vonatkozó rész hatályon kívül helyezését.

A kormány álláspontja szerint a közösségi jogszabályok rendelkezéseiből egyértelműen levezethető, hogy a peresített ügyekben a vissza nem igényelhető áfatartalom európai uniós forrásból támogatható költségnek minősül, mivel a kedvezményezett áfalevonásra nem jogosult. Lényeges szempont, hogy a le nem vonható áfa költségeinek európai uniós finanszírozására több példa van.

A folyamatban lévő eljárás ideje alatt ugyanakkor a kormány – összhangban az Európai Bizottság e tárgyú határozataival – a projektek „vitatott” áfaköltségeire nem számol el európai uniós forrást, ezért semmilyen visszafizetési kockázat nincs. Mindez a szakminisztérium szerint azt eredményezi, hogy a peresített összegek tekintetében a magyar költségvetés „pozitív kockázatot fut”. Magyarország számára kedvező kimenetelű döntés esetén így a peresített összeg költségvetési bevételként elszámolható. Ez esetben egyszerre kerülhet sor az államháztartás egyenlegének további javítására és a felhasznált uniós források összegének növelésére.

A 2012. április 18. napján lezajlott tárgyaláson a nemzeti szakértők megvédték a magyar álláspontot. A minisztériumi közlemény szerint a kormány bízik abban, hogy az Európai Törvényszék Magyarország számára kedvező ítéletet fog hozni.