Az Európai Bizottság többször is figyelmeztette a cseheket, hogy problémákat lát a támogatások felhasználásában. Idén tavasszal azután Brüsszel felfüggesztette az operációs programok pénzeinek kifizetését Csehország számára, júniusban pedig ellenőrök érkeznek Csehországba, hogy megvizsgálják a már kifizetett támogatások felhasználását.

A miniszterelnök szerint ha Csehország nem kapja meg az uniós pénzeket, az jelentősen elmélyítheti az állami költségvetés hiányát. 

"Ha jelentős elmélyülésről beszélek, akkor nem a GDP néhány tizedére gondolok, hanem a GDP százalékaira" – húzta alá Necas. Megjegyezte, hogy ez Csehország számára súlyos gondokat jelentene. "Azért, mert a pénzpiacok azonnal észrevennék, hogy nem teljesítjük konszolidációs stratégiánkat, hogy a költségvetési hiányunk nem lett alacsonyabb, nem olyan, mint terveztük, de annál magasabb" – fejtette ki a kormányfő.

Necas szerint az is megtörténhet, hogy az Európai Uniónak pillanatnyilag nem lesz elég szabad forrása a cseh – de nem csak a cseh – követelések kielégítésére az operációs programok keretében. Ez az egyik oka annak, amiért Csehország támogatja azt a javaslatot, hogy emeljék az EU jövő évi költségvetésének nagyságát.

A cseh kormány márciusban saját elhatározása alapján június végéig leállította az európai uniós támogatási pénzek lehívását, hogy addigra megszüntesse a nemzeti ellenőrzési rendszer hiányosságait. A regionális fejlesztési minisztérium akkori közleménye szerint konkrétan az európai regionális fejlesztési alapról és a kohéziós alapról van szó. Brüsszel már korábban figyelmeztette Csehországot: ha nem lép időben, akkor az unió júliustól általánosan felfüggesztheti a támogatások kifizetését. A figyelmeztető levél tényét a minisztérium megerősítette.