Többször került szembe a kormánypártokkal is: a képviselők olyan javaslatokkal álltak elő, s vittek át időnként a parlamenten is, mellyel ő vagy a területért felelős emberei nem értettek egyet. Az utóbbi fél évben több személyi változás is volt a tárcánál, Orbán Viktor miniszterelnök például három hete mentette fel Olajos Péter energetikai helyettes államtitkárt,míg egy hete Bencsik János energiaügyi államtitkár jelentette be távozását, miután szembekerült Lázár Jánossal, a Fidesz frakcióvezetőjével.

Aminisztériumban a távközlési-informatikai területen először a nyár derekán váltak a nyilvánosság számára is láthatóvá azok a konfliktusok, erővonalak, melyek már jóval korábban is meghatározták a szakpolitikai munkát. Ennek egyik, a nagyközönség számára még nehezen értelmezhető jele volt, hogy közel egyéves késéssel valósult meg az unió frekvenciaszabályozásában igen hangsúlyos elem magyar jogrendbe való átültetése, nevezetesen a 900-as frekvenciák kinyitása a hang mellett az adatszolgáltatásokra is. Ugyan ez a nyár elején végül megtörtént, a szakmában már hónapokkal azelőtt arról beszéltek, hogy a minisztérium szakpolitikusi gárdája és a Szalai Annamária vezette Nemzeti Média- és Hírközlési Hatóság rivalizálását kell a háttérben keresni.

Augusztus elején aztán az infokommunikációs államtitkár, Nyitrai Zsolt kezdeményezte a távközlésért felelős helyettes államtitkár, Vasváriné Menyhárt Éva leváltását, ám a konfliktus itt is láthatóvá vált azzal, hogy a minisztérium erre úgy reagált: a helyettes államtitkár felmentését a miniszter joga kezdeményezni, nem Nyitraié. Ráadásul több, a kormányhoz közel álló lapban ezzel párhuzamosan arról írtak, hogy a szakpolitikátmulticégek próbálják befolyásolni, s arra is utaltak, hogy mind a miniszter, mind a helyettes államtitkár a Deutsche Telekom magyar érdekeltségénél töltött be vezető pozíciót a múltban. A miniszter dolgát aztán Vasváriné könnyítette meg azzal, hogy maga mondott le, ezt követően pedig a minisztérium átszervezésének égisze alatt távozott Nyitrai is, ám ő miniszteri biztosként a kormányfő szűkebb környezetében talált új feladatra.

Azt beszélik ugyanakkor, hogy a miniszter nem támogatja teljes mellszélességgel az állami mobilszolgáltató százmilliárd forintba kerülő tervét sem, amit ugyanakkor több más „erős ember” támogat a miniszterelnök környezetében. A frekvencia-árverésre tegnapig lehetett jelentkezni, s azt beszélik, hogy a miniszter tárcája irányítása alatt álló három cég, az MVM, az MFB és a Posta konzorciuma is jelentkezett, miközben a minisztérium nem tájékoztatta e cégek tervei ről a nyilvánosságot, sőt Fellegi maga azt mondta, hogy csak akkor lesz erről álláspontja, ha kiderül: indul a tenderen állami cég. Állítólag azért nem ért egyet a tervvel, mert közel sem biztos a költségek megtérülésében, ráadásul az üzleti terv erre az esetre azt a menekülőutat írja le, hogy az alapítandó mobilcég később eladható. A szakma szerint ezzel a miniszter nem tud azonosulni.

Nem volt sikertörténet a Malév ügye sem. A tavaly 24 milliárdot meghaladó állami pénzt elégető cégre már tavaly jó lett volna a funkcióit betöltő befektetőt találni, de ez nem jött öszsze. Azt követően sem, hogy a kínai–magyar kormányfői találkozó után e projektet emlegették a bennfentesek a legvalószínűbb pilotprojektként. Miközben a légitársaság égette az állami milliárdokat, vizsgálatok, tanulmányok készültek, sokszor a munka szó szerint állt. Előfordult az is, hogy képviselők hívták fel a kormányfő figyelmét arra, hogy nincsenek eredmények.

A közlekedési terület azonban nem csak a levegőben, a szárazföldön is gyakran kifogott Fellegi tárcáján. A kormány a miniszter gondjaira bízta 2010 nyarán az autópályák megtett úttal arányos díjakat számlázó, elektronikus fizetőrendszerének kiépíttetését. Bekapcsolásának időpontjául 2013. január 1-jét jelölték meg, ám ebből már biztosan nem lesz semmi. Feladatai közé tartozott a közösségi közlekedés átalakítása, a Magyar Közlekedési Holding megalakításának előkészítése, a MÁV-Start és a Volán-társaságok szolgáltatásainak összehangolása is. A holding máig nem alakult meg, a vasút és az autóbuszos cégek még 2012-ben is egymás elől viszik majd el az utasokat. Felleginek kellett volna beteljesítenie a kormány restaurációs választási ígéreteit a vasúti közlekedésben és a Magyar Postánál. Gondoskodnia kellett volna a korábban leállított vasúti mellékvonalak forgalmának újraindításáról, a kistelepüléseken bezárt kisposták megnyitásáról. Néhány vasútvonalat és kispostát ugyan a politikusok megnyithattak, de grandiózusabb lépésekre nem került sor, és az amúgy is nehéz helyzetben lévő két társaság költségvetését nem növelték csupán a kormány ígéreteinek kedvéért.