Carl Lutz 1942 elején lett a budapesti svájci követség önálló osztályának vezetője. Feladata több, Magyarországgal hadban álló, ezért a közvetlen diplomáciai kapcsolatot megszakító állam (mint az USA és Nagy Britannia) és polgáraik jogi, gazdasági képviselete, védelme volt. A Szabadság tér 12-ben, az amerikai követség épületében működött Carl Lutz irodája, rezidenciája pedig a brit követség Werbőczy (ma: Táncsics Mihály) utcai épülete (jelenleg a Kulturális Örökségvédelmi Hivatal székháza) volt, ahol a Lutz-házaspár – mintegy negyven, oda menekült emberrel – a város ostromát túlélte. Ez utóbbin április 12-én emléktáblát avatnak.

Műemléki táblát helyeznek el aznap az úgynevezett Üvegházon is. A londoni külügyminisztérium kérésére Carl Lutz kapcsolatba került a brit igazgatású, Palesztinába irányuló kivándorlás szervezőivel. Ez a kapcsolat lett az alapja 1944-ben a nácik által megszállt Európa egyik legsikeresebb zsidómentő akciójának. Az akció központja a belvárosi Vadász utca 29., a cionisták által irányított Üvegház volt, ahol a kivándorlásra jelentkezők számára csoportos útlevelet állítottak össze. A nyilas terror idején erre hivatkozva, október 23-i dátummal védleveleket állítottak ki, amelyeket a Szálasi-kormányzat is elismert, annak reményében, hogy Bernben fogadják a követét. A védleveleket a cionista ifjúsági mozgalom tömegével hamisította. Az Üvegház ezrek menedéke lett.

A diplomatát 1945 áprilisában kiutasították Magyarországról. Svájcban nem ismerték el embermentő cselekedeteit, sőt megvádolták azzal, hogy túllépte hatáskörét. A tapasztalt Lutzra szerény feladatot, a német érdekek kelet-svájci képviseletét bízták Bernben, Zürichben. Feleségétől elvált, majd 1949-ben Budapesten új házasságot kötött Csányi Magdával.

A két német állam megalakulása után a Lutheránus Világszövetség kérte fel az Izraellel folytatott tárgyalásai vezetésére, majd ezek sikeres lezárását követően, 1954-től Bregenzben volt konzul. Megkapta a főkonzuli címet. 1961-ben visszavonult a külügyi szolgálattól. 1975. február 13-án, Bernben hunyt el.

Carl Lutz szenvedélyes amatőr fotós volt. Családja a Palesztinában, a harmincas években készített felvételei közül többet jeruzsálemi Jad Vasem intézetnek adományozott. A budapesti képek többségét Gertrud Lutz-Fankhauser a zürichi ETH Archiv für Zeitgeschichte gyűjteményében helyezte el. A Carl Lutz Alapítvány és a Budapesti Történeti Múzeum a magyar fővárosban készült, Budapest múltjához adalékokkal szolgáló képeit mutatja be a Vármúzeumban rendezett kiállításon.