A freskókat a középkori itáliai festészet legnagyobb művészei – Giotto (1267-1337), Simone Martini (1284-1344) és Pietro Lorenzetti (1280-1348) – festették.

Scoppola úgy fogalmazott, Assisi bazilikája háborúkat és földrengéseket is túlélt, egy restaurálás sem okozhat nagyobb károkat.

A bazilikában szolgáló ferences szerzetesek az umbriai műemlékvédelmi felügyelet véleményét is kikérték, amely szerint azonban a restaurálás semmilyen kárt nem okozott a középkori freskókban. A restaurátorok egyszerűen eltávolították a freskókat fedő szennyeződésréteget, és emiatt a freskók színei szokatlanul világossá váltak.

Az assisi bazilikának az egész világon ismert freskóit utoljára 1968-ban restaurálták. Az 1997-es umbriai földrengésben a bazilika felső templomának mennyezete leomlott és 80 ezer apró darabra tört. Ezeknek csak egy részét sikerült felhasználni az újjáépítéshez, amely 2006-ra ért véget.