A Lipót megszűnését követően pszichiáterek, művészettörténészek aggódtak: mi lesz a Selig Árpád elmeorvos által az 1920-as évektől gyarapított, és az intézményben őrzött képzőművészeti kollekció sorsa. Több múzeum és egészségügyi intézmény jelentkezett érte, a versenyt végül a Magyar Tudományos Akadémia nyerte. Egyszeri, tízmilliós támogatást ígért nekik az Egészségügyi Minisztérium, ezenfelül vállalta a gyűjtemény kezelésével és fejlesztésével járó összes kiadást. Hogy a festmények, rajzok és kerámiák mégis csak most kerülhettek az Akadémia Teréz körút 13. szám alatti épületébe (Batthyány-palota), az leginkább annak az Egészségügyi Készletgazdálkodási Intézetnek (EKI) "köszönhető", amelyet a minisztérium a kórház-átalakítások idején jelölt ki a Lipótra megszüntetési biztosnak. Az EKI ugyanis aggályosnak tartotta a Selig-gyűjtemény eddig megszokott kezelési és kiállítási módját. A Lipóton ugyanis több festményt az alkotó kórlapjával együtt tettek közszemlére, az EKI pedig úgy vélte, hogy azokat bizalmas egészségügyi dokumentációként, és nem elsősorban kutatható művészettörténeti nyersanyagként kellene kezelni.

Az MTA Művészettörténeti Kutatóintézetének elnöke, Beke László minden aggódót megnyugtatott: az előreláthatólag év végén vagy 2009 elején nyíló múzeum kiállítási és kutatási rendje az összes adatvédelmi előírásnak megfelel majd. A bemutatandó (szignált) művek senki személyiségi jogait nem sértik, az azoktól sokak szerint elválaszthatatlan kórlapokat azonban az EKI-ben helyezték el, csak kutatók férhetnek hozzájuk. A múzeumot is csak bejelentkezés alapján lehet majd látogatni, részben azért, mert az MTA művészettörténészeinek fel kell még dolgozniuk a gyűjteményt. Ebben nemzetközi interdiszciplináris tanács lesz segítségükre, amelynek tiszteletbeli elnöke a Pszichiátria és Művészetek Világszövetségének elöljárója, Jakab Irén, elnöke pedig a kollekciót két évtizedig kezelő muzeológus, Plesznivy Edit lesz.