A leendő főigazgató 1989-ben az Eötvös Loránd Tudományegyetemen szerezte meg diplomáját történelem-levéltár szakon, majd nemzetközi ösztöndíjjal tanulmányokat folytatott Londonban, Cambridge-ben, Wolfenbüttelben. Ezt követően a Semmelweis Orvostörténeti Múzeum, Könyvtár és Levéltár munkatársa, 2008-tól főigazgatója lett. Vezetése alatt az intézmény 2011-ben elnyerte az Év múzeuma címet. Széleskörű nemzetközi kapcsolatrendszerének köszönhetően számos szakmai társaság munkájában vett részt, 2015 januárjától az ICOM Magyar Nemzeti Bizottságának elnöke.

Varga Benedek főigazgatói pályázatában célul tűzte ki, hogy a Magyar Nemzeti Múzeum a magyar történeti és régészeti muzeológia hazai vezető intézményévé, valamint - a nemzetközi szerepvállalás erősítésével - a nemzeti múzeumi világ egyik európai centrumává váljon - olvasható a közleményben.

Varga Benedek hivatalba lépéséig az intézményt a nyugdíjkorhatárt elért jelenlegi főigazgató, Csorba László vezeti, akinek munkájára az emberi erőforrások minisztere a későbbiekben is számít.

Az intézmény főigazgatói tisztségére Hoppál Péter kulturális államtitkár korábbi közlése szerint öten pályáztak.