A Zólyom vármegyei Breznóbányán született 1835. június 28-án a szász Karol Herrmann bányaüzemi sebészmester ötödik gyermekeként. Tizenkét éves koráig csak németül beszél, majd Miskolcon abban az evangélikus algimnáziumban tanul meg magyarul, amelybe a Tiszát szabályozó Vásárhelyi Pál és Szemere Bertalan, a későbbi miniszterelnök is járt. Az 1848-as forradalom kitörésekor, 13 évesen, katonának jelentkezik, ám nem sorozzák be a beteges, gyengén halló gyereket. Előbb inas egy miskolci lakatosüzemben, majd a bécsi politechnikum hallgatója. A diplomát már nem bírja megszerezni – apja meghal, anyja pedig nem tudja támogatni tanulmányait –, géplakatos lesz.

1857-ben nem megy sorozásra: nem akar az osztrák seregben szolgálni. Katonaszökevényként tíz évre besorozzák. Négy év múlva leszerel. Hamarosan az észak-olaszországi felkelők között harcol, majd Lengyelországban küzd az önkényuralom ellen. Aztán elnyer egy konzervátori állást a kolozsvári Erdélyi Múzeumnál. Jó ez a hely, mégis elhagyja a csekélyke fizetés okán. A Magyar Polgár című kolozsvári ellenzéki laphoz szegődik újságírónak, de bő egy évre rá innen is megy.

Pesten pókmonográfia megírásával bízzák meg. „Azonnal kutatóútra indul a Duna–Tisza közére, a Vajdaságba és Erdélybe, egészen Orsováig, onnan az Alföldön át a Hegyaljára, majd a Felvidék és a Dunántúl tájai következnek” –olvasható Kiss József 2000-ben megjelent tanulmányában. Az 1875–1878 között megjelenő háromkötetes Magyarország pókfaunája egy csapásra ismertté teszi őt. Kinevezik a Nemzeti Múzeum állattárába „őrsegédnek”: a szerény fizetéshez hivatali lakás is jár. Egyre aktívabb szerepet vállal a politikában. 1878-ban csatlakozik a Függetlenségi Párthoz. 1879 októberében –Kossuth Lajos ajánlására – Szeged Alsóváros képviselője. Az öreg politikus gyakorta kikéri természettudós barátja véleményét, Herman 1877-ben, 1887-ben és 1893-ban személyesen is felkeresi torinói otthonában.

Az 1887-ben közzétett A magyar halászat könyve a halászmesterség ősi eszközeit, a különféle halászati módokat, a hazai halak leírását, élőhelyeit, életmódját és halászati jelentőségét – fajonkénti saját rajzokkal – mutatja be. 1888 nyarán két hónapos tanulmányútra indul a norvég fjordokhoz és Lappföldre. Tapasztalatairól, élményeiről jelenik meg Az északi madárhegyek tájáról című műve. Hazatérése után országos hálózatot szervez a madárvonulás megfigyelésére, 1893-ban a kultusztárca anyagi támogatásával létrehívja a Magyar Ornitológiai Központot.

1891-ben egy miskolci ház alapozása közben különös szerszámokra bukkannak, Herman Ottó nyomban felismeri a jégkorszak emberének eszközeit. Ő kezdi meg a Miskolc környéki barlangok ősrégészeti feltárását, elindítja a magyar ősemberkutatást. Fáradhatatlan munkatársa, Lambrecht Kálmán is elkíséri az ásatásokra. Lambrecht a Herman Ottó – Az utolsó magyar polihisztor élete és kora című munkájában arra is kitér, hogy a Magyar Tudományos Akadémia miért nem választotta tagjai közé a tudóst: Herman maga tiltakozott megválasztatása ellen. „Én a szabad kutatás és szabad bírálat embere vagyok – írja 1884-es hírlapi nyilatkozatában –, a tudományban sem pajtást, sem urat nem ismerek s ennélfogva csak oly testületeknek lehetek tagja, melyben a döntő szó a szakembereké; ellenben nem kívánok helyet oly testületben, melyben a döntés főbb része oly dignitariusoké (tisztviselő – a szerk.), kiknek méltóságos voltát nem bolygathatom ugyan, de akiknek tudományos értékéről nekem – tudományos munkálataik sajnos hiánya miatt – fogalmam sincsen”, de meg azért is, „hogy legyen ezen a cimkórságos magyar glóbuszon legalább egy ember, aki cím és rang nélkül, épen csak mint ember, meg tud élni – munkával”.

Hetvenöt éves korában villamos üti el, két év múlva szélütés éri. 1914. december elején újabb balesetet szenved: ekkor már 79 éves. Talán ezt a sérülését is kiheverné, de a Krisztina körúti lakásán törött lábbal fekve tüdőgyulladást kap, s 1914. december 27-én meghal. A Kerepesi temetőben nyugszik 1965 szeptemberéig, amikor is az exhumált hamvak (akaratának megfelelően) a Hámori temetőbe kerülnek.

Tudós természetábrázoló

Az emlékév részeként ünnepi kiadásban újranyomtatják Varga Domokos Herman Ottó életéről szóló könyvét és a Nyitott szemmel Herman Ottó útjain című felfedezőfüzetet is. A Magyar Természettudományi Múzeum a Tudós természetábrázolók Herman Ottótól a digitális leképezésig című vándorkiállítással állít emléket az intézmény egykori munkatársának. A hazai nemzeti parkok vezetett túrákkal, madármegfigyelésekkel, kézműves-foglalkozásokkal, madárgyűrűzési bemutatóval csatlakoznak a programokhoz.