A Kasztner-dosszié végső lezárását az is hátráltatja, hogy a témával kapcsolatos történészi alapkutatások is hiányosak, és a nyugvópontra máig sem jutó Kasztner-vitának van még mindig egy nagyon személyes, túlfűtött töltete.

Frojimovics Kinga szerint a magyarországi és külföldi, főleg izraeli történetírók a második világháborús zsidó önmentés egyik legsikeresebb példája - a kolozsvári cionista, Kasztner Rezső nevével fémjelzett mentési akció - kapcsán a dokumentumoknak csupán egyes szeleteit vizsgálták, és azokat is csupán egy bizonyos szempontból. "A történészeknek a tényeket kell feltárniuk, és nem az a feladatuk, hogy eldöntsék, kinek volt igaza", így Frojimovics, aki szerint a Kasztner-féle történetben eldönthetetlen, hogy kinek az oldalán áll az igazság. A magyar cionista vezetésen belül is viták voltak arról, hogy milyen hatalmas a kockázatuk az ún. mentőakcióknak. Volt, aki nem értett egyet Kasztnerrel, aki szerint - ha csak két rossz között lehetett is választani - "a vonat" mégis egy lehetőség volt. "Ez hazardírozás", vetette ellen Krausz Miklós a budapesti "Palesztina Hivatal" vezetője, aki kétségbe vonta, hogy sikerrel végződhet bármelyik tervezett mentőakció. Érvelése szerint: "Ha innen elmegy ennyi ember egy vonaton, ki tudja, hova fog megérkezni. Oda, ahová tervezték?" Amikor kiderült, hogy a vonat Németország felé megy, voltak, akik az utolsó pillanatban leugrottak róla. Komoly Ottó, a mentőbizottság vezetője az utolsó pillanatig nem tudta eldönteni, hogy saját lányát elengedje-e "a vonattal".

Eichmann végül beleegyezett, hogy javakért és pénzért (fejenként ezer dollárért) cserében "a vonat", amely csak később kapta a "Kasztner-vonat" elnevezést, Budapestről indulva Németországon keresztül Spanyolország érintésével Észak-Afrika irányába mehet. Végül 1684 embert mentettek meg a Kasztner-vonaton, akiknek többsége több hónapos bergen-belseni kitérővel Svájcba érkezhetett.

"A történeti vita Kasztner szerepéről Izraelben már rég lezajlott. A magánemberek, a túlélők szintjén azonban, ha felmerülnek a zsidó mentőbizottság akciói, az ún. Kasztner-ügy, még ma is nagyon komoly viták, személyeskedések alakulnak ki", állítja Frojimovics. Izraelben a vita a túlélők körében arról szól, hogy tulajdonképpen kiket is mentettek meg Kasztnerék. Mivel ez hangsúlyosan cionista akció volt, ezért Izraelben elsősorban azt firtatják, hogy miért kerültek fel anticionisták is a vonatra. Frojimovics szerint a válasz: "A németek pénzért engedték ki ezt a vonatot, és ezt a pénzt elő kellett teremteni. Voltak, akik mások helyett fizették meg a hely árát. A Kasztner által ťNoé bárkájánakŤ nevezett vonaton a magyar zsidóság szinte minden rétege képviselve volt."

Magyarországon időről időre kiújul az ún. Kasztner-vita. Stílusa sokban hasonlít a több mint fél évszázad előtti Kasztner elleni izraeli perre, amelyben Kasztnert a németekkel való kollaborálással vádolták meg. A per végül 1958-ban Kasztnert a vádak alól felmentő legfelsőbb bírósági ítélettel végződött, amit Kasztner már nem ért meg, mert egy évvel korábban tel-avivi lakása előtt egy orvlövész lelőtte. Frojimovics szerint a Kasztner-per a magyar cionisták és a magyar zsidó vezetők egymás közötti feszült viszonyát is jól tükrözte.

Jeruzsálemben, a Jad Vasem levéltárában a magyarországi holokauszt kutatásával foglalkozó történészek elismerésének bizonyítékaként Molnár Judit történész elsőként vizsgálhatta meg a Kasztner-hagyatékot. 2007 júliusában, Kasztner megölésének 50. évfordulóján a múzeumnak Kasztner családja adta át a hagyatékot, amely főleg Kasztner háború utáni levelezéseiből, személyes irataiból és Dov Dinur haifai történész által összegyűjtött dokumentumokból áll.

A kutatás nyomán jövőre a Jad Vasem kiadásában megjelenik Kasztner 1946-ban megírt Jelentése, amelynek írásába Kasztner már 1945 végén, közvetlenül a háború után belekezdett, elsősorban a háború alatti tevékenységükért őt és más cionista vezetőket ért támadások miatt. A német és a héber után az angolul először megjelenő munka (Molnár Judit és Karsai László ír hozzá bevezető tanulmányt) szintén első magyar teljes fordítását is a tervek szerint jövőre adják ki.

"A Kasztner-hagyatékban először került elő az eredeti, Kasztner kézírásos széljegyzeteivel, megjegyzéseivel ellátott és több ízben javított, teljes Jelentés. Kasztner a Jelentésben - noha nem így nevezi - a strasshofi akcióról is ír, melynek során 15 ezer magyar zsidót - Szolnokról, Debrecenből és Szegedről - szállító öt vonatszerelvényt a németek Auschwitz helyett a Bécs melletti Strasshofba irányítottak, ahol jobb volt az esélyük az életben maradásra. A Jelentésből kiderül, Kasztner nem tudta, hogy Eichmann felsőbb utasításra ment bele a strasshofi akcióba (ti. Ernst Kaltenbrunner, az RSHA, azaz a Birodalmi Biztonsági Főhivatal vezetője utasította Eichmannt, mivel Blaschke bécsi polgármester 1944. június 7-én magyarországi zsidókat kért mezőgazdasági munkára). Kasztner azt hitte, hogy a cionistáknak volt köszönhető, hogy "meg tudták Eichmannt puhítani".

Molnár Judit szerint az 1944. június 25-28. között lebonyolított strasshofi deportálás előtt például Szegeden egy német tiszt arra utasította a helyi zsidó vezetőket, hogy az utolsó vonatra, amelyet Strasshofba irányítottak, válogassák ki a 12 éven aluli gyerekeket és 50 év feletti felnőtteket. A német tiszt nyilvánvalóan tudta, hogy a gyerekeknek és az öregeknek Strasshofban nagyobb a túlélési esélyük.

Miután 1946-ban Baselben a cionista kongresszuson a mentőbizottság és Kasztner tevékenységét vizsgáló bizottság felállítását bejelentették, Kasztner a Jelentés utószavában azt írta: "óhatatlan, hogy a visszaemlékezések elfogultak és pontatlanok", de reméli, "hamarosan eljön az idő, amikor a hiteles dokumentumok ismeretében teljesebb és valódi képet rajzolnak tevékenységünkről".