Hodorkovszkij kérelmét a bíróság a fegyház és az ügyészség indítványára utasította el. Az említett hatóságok ugyanis összességében kedvezőtlen jellemzést adtak a volt oligarcha börtönbeli viselkedéséről, a többi között azt állítva, hogy az elítélt "zárkózott és hazudozó". Szabadlábra helyezése pedig akadályozná az ellene újabban felhozott vádak ügyében folyó nyomozást, és tartani kellene szökésétől. A büntetés-végrehajtás emberei mindezen túlmenően különféle fegyelemsértéseket is Hodorkovszij terhére írtak (például azt, hogy egyszer séta közben nem tette hátra a kezét). A hatóságok konklúziója: Hodorkovszkij "nem javult meg; idő előtti volna kiengedése a börtönből". A bíró indoklása szerint a feltételes szabadlábra helyezést az "elítélteknek meg kell szolgálniuk".

Hodorkovszijnak a tárgyalás előtt öt percet engedélyeztek, hogy sajtónyilatkozatot tegyen. Az egykori nagyvállalkozó ezúttal is tagadta, hogy elkövette volna a szóban forgó bűncselekményeket, és korrupt hivatalnokok áldozatának mondta magát. Ügyvédje, Jurij Smidt hangoztatta, hogy az ítéletet megfellebezik. Ljudmila Alekszjeva emberjogi aktivista, a moszkvai Helsinki Csoport vezetője úgy fogalmazott, hogy ha a bíróságok függetlenek volnának Oroszországban, akkor Hodorkovszkij most feltételesen elhagyhatta volna a börtönt. Ugyanakkor egy friss oroszországi felmérés szerint a megkérdezettek 47 százaléka gondolja úgy, hogy a korábbi milliárdosnak továbbra is börtönben a helye, és csak 18 százalékuk véli ennek az ellenkezőjét.

A Hodorkovszij ellen folyó újabb vizsgálat azzal gyanúsítja a volt Yukos-vezért és társait, hogy 7,5 milliárd dolláros pénzmosást is elkövettek.