Már az építkezés kezdete előtt sokak ellenszenvét váltotta ki a Szent Gellért téri metróállomás terve, ugyanis az eredeti elképzelés szerint az alagút túl közel haladt volna az évszázados forrásokhoz, amelyek, amint azt Kervasz Károly, a fürdő főmérnöke elmondta, a Gellért fürdő víz- és hőellátásáról is gondoskodnak.

Az említett aggályok miatt új méréseket végeztek, és a vonalat délebbre tolták. A vizsgálódás során 132 kutatófúrást végeztek a tervezett nyomvonal mentén, így a teljes vonal vízföldtani viszonyait feltérképezték.

Mivel még így sincs kellően nagy távolságban a Gellért-hegy környéki karsztjáratoktól, a gyógyforrások üzemeltetését szabályozni lehet és kell akkor, amikor a fúrópajzs közel jár azokhoz. Ez a monitoringrendszerrel előre jelezhető, így lehetséges a vízbetörések megelőzése. Ellenkező esetben sem várható számottevő karsztvízkárosodás, mivel a források magasabb nyomásszintje miatt a termálvíz áramlik ki, kimosva a szennyeződést. A vízveszteség a források magas hozama miatt elenyésző hatású, a kész alagút pedig a megfelelő szigetelésnek köszönhetően az üzemeltetés alatt sem okozhat majd kárt a gyógyvízkészletben.

A munkálatok megalapozására vizsgálatokat végeztek - még 1984-ben, de ekkor az építkezést gazdasági okok miatt el kellett halasztani. Később ismét napirendre került a vonalépítés kérdése; a kiírt pályázat győztes tanulmánya alapján ki lehetett választani a legkevesebb kockázattal járó nyomvonalváltozatot.

Az 1999-ben a Mélyépterv Kultúrmérnöki Kft. által elkészített hatástanulmány alapján elmondható, hogy nincs veszélyeztetve a termálvízkészlet. Ennek védelme, kitermelése és felhasználása metró nélkül is odafigyelést érdemel.

Fentről nem is sejtettük, milyen gondokat okozhat a talajvíz a metróépítkezésen