Bár 1960-ig még kétszer változtattak nevet - akkor még a cég körül ezek számítottak a legjelentősebb kilométerköveknek -, ám mindez kevéssé érdekes ahhoz képest, hogy ekkor nevezték ki a vállalat élére Burgert Róbertet. Ezzel a gazdaság három évtizedig tartó fejlődése és aranykora kezdődött el. A szakember vezetése alatt Bábolna átalakította a termelését. Első lépésként a község teljes szántóterületét kukoricával vetették be, amely révén a forgalom megélénkült, s a fejlődés anynyira felgyorsult, hogy szükségessé vált a munkaerőimport a környező településekről.

A gazdaság növekedése közvetlenül a település életére is hatással volt, hiszen az újonnan érkezők révén jelentős lakásépítési hullám indult, emellett az úthálózatot is bővítették. 1975-ig a település lakossága duplájára nőtt, s meghaladta a háromezret. A fejlődés eredményeként több országban is céget alapítottak a megtermelt áru forgalmazására és értékesítésére. Később kiderült: éppen ez a társaság legnagyobb problémája.

Burgert 1990-ben hagyta ott a jól prosperáló céget - távozásával viszont megjöttek a problémák is. Az agráripari csoport újkori történetének kezdetekor, a rendszerváltás után nem sokkal már felvetődött - több gazdasággal együtt - a bábolnai privatizációja is. Akkor hangsúlyozták, hogy ezzel a cégek megerősítését szeretnék elérni és a menedzsmentet és a dolgozókat kívánják tulajdonhoz juttatni. Már csak azért is mert a privatizációs törvény szerint Bábolna egyike volt azon vállalatoknak, amit tartósan állami többségű tulajdonban kell tartani. Hiába voltak azonban az ígéretek az eljárás csak váratott magára, 1997-ben már arról beszéltek, hogy a vállalat nehéz helyzetbe jutott.

Az év végére már lényegében nyilvános vita zajlott arról, hogy a vezetők vajon pazaroltak-e vagy mezőgazdaság általános következménye, hogy a legnagyobb magyarországi mezőgazdasági cég 13 milliárd forintos adósságot halmozott föl, úgy hogy e közben a nyeresége egy év alatt 1,2 milliárdról 15 millióra zsugorodott. A bírálók szerint a cég - az újkorban gyakran váltott - vezetői a privatizációra koncentráltak, s nem arra, hogy a gazdálkodás rendben legyen. A bábolnaiak közül többen levelet írtak az agrártárcának, hogy miféle harácsolás folyt a birtokon, míg más azt kifogásolta: a politika beleszól a részvénytársaság belügyeibe.

A kormány szerint vállalatcsoport gyakorlatilag áttekinthetetlen szervezeti felállásban működött, ami a kerékkötője volt magánosításnak. A vállalatcsoport cégnyilvántartása valóban bonyolult volt. A kezdeti időktől 1997 közepéig csaknem 80 céget alapítottak, szüntettek meg, olvasztottak be és így tovább. A társaságok egy része ráadásul olyan vegyes vállalatként "működött", amelyik a bábolnai portékát lett volna hivatott külföldön értékesíteni. Ezek jelentős része azonban már csak a veszteséget "termelte". A Bábolna-üggyel kapcsolatban az ÁPV Rt. is vizsgálatot rendelt el, majd egyszerűsítést. 1999-re a korábban mintegy ötven különböző hazai és külföldön működő vállalkozást öszszefogták és hat társaságba "helyezték át". Az egyre erősebb piaci szereplők miatt azonban a Bábolna a baromfipiacon ekkora elvesztette egyeduralkodó szerepét, s a termelés önkorlátozására kényszerült.

A kormány 2000 végén végül is ismét úgy döntött a gazdaságot privatizálni kell. A cég veszteségesen működő részeinek leválasztásáról született határozat. Az ÁPV Rt. 2001 szeptemberében 1,6 milliárd forintért visszavette a Bábolnától a lótenyésztést (az ehhez tartozó épületegyüttest, az erdő- és vadgazdaságot, valamint a Ménesbirtok Kft.-t). Akkor a tervek szerint a baromfi-tenyésztési, élelmiszer-ipari vertikum és az ötezer hektáron folyó növénytermesztés lett volna a magánosítás tárgya.

Az eladás csak nem indult el. 2002 közepére az adósságállomány 22 milliárd forintra nőtt, az éves veszteség 7,7 milliárd forintot tett ki. A Bábolna az államból élt. Az Állami Számvevőszék (ÁSZ) 2006-os jelentése szerint a csoport így 2000 és 2005 között csaknem 24 milliárd forint veszteséget halmozott feló, miközben a cég 2000-2004 között különböző jogcímeket csaknem 30 milliárd forint állami segítséget kapott.

Az állami támogatásra azonban 2004, az európai uniós csatlakozás után már nem volt lehetőség. Különböző ötletek merültek fel megoldásként. Ilyen volt, hogy a nagy múltú cég korábbi nyereséges üzletágait egy cégbe szervezik, így lehetővé válna a sikeres privatizációja. A befolyt összegből pedig kifizették volna a korábban szebb napokat látott vállalat, ekkorra már 40 milliárdosra hízott tartozását. A jól menő cégek - többi között Bábolna Takarmányipari Kft. vagy a Pannon Baromfi Kft. - azonban senkinek sem kellettek így egyben, külön-külön kellett azokat eladogatni. Ennek volt köszönhető, hogy az akkori tervekkel ellentétben a Bábolna megmenekült a végelszámolástól.

Ekkora viszont a súlyos adósságállomány miatt lényegében mindenétől megszabadított céget, s már tisztán növénytermesztő társaságként került volna piacra. Még mindig volt azonban két gazdasága, a szendrői és a kerteskői, amit értékesíteni akartak, ám ez egészen mostanáig nem sikerült - most is csak az egyik kelt el.