A 2003-ban elfogott, pakisztáni Hálid Sejk Mohamedet többek közt az al-Kaidával való szövetkezéssel, valamint 3000 rendbeli gyilkossággal vádolják, amely az Egyesült Államok elleni támadások áldozatainak számával egyezik meg.

Mohamed egy korábbi vallomásában "a-tól z-ig" felelősnek vallotta magát a hat és fél évvel ezelőtti terrortámadásért, valamint a New York-i Világkereskedelmi Központ elleni 1993-as támadásért, egy bali-szigeti éjszakai bár felrobbantásért, valamint David Pearl amerikai újságíró lefejezéséért is. A guantánamói börtönben tett vallomása azonban értéktelen a tárgyalás során, mivel a CIA beismerte: Mohamedet a kihallgatás során vízbe fojtást szimuláló eljárásnak vetették alá. Ez pedig számtalan nemzetközi egyezmény által kínzásnak minősül, ezért az így kicsikart vallomásokat tilos felhasználni.

A guantánamói hadbíróság működését az amerikai kongresszus által 2006-ban elfogadott törvény szabályozza, célja pedig olyan nem amerikai állampolgárok bíróság elé állítása, akik a Bush-kormányzat szerint "ellenséges harcosok", akiket sem a civileknek, sem a katonáknak kijáró jogi védelem nem illet meg. Az USA a jelenlegi 275 fogva tartott közül 80 hadbíróság elé állítását tervezi.