Blattert 1998 júniusában az európai szövetség korábbi elnökével, a svéd Lennart Johanssonnal szemben 111:80 arányban választotta első emberévé a nemzetközi szövetség, majd 2002-ben újabb négy esztendőre bizalmat kapott. Ekkor a kameruni Issa Hayatout győzte le 139:56-ra. Egy évvel később, Dohában úgy határoztak a tagok, hogy 2007-ig meghosszabbítják a mandátumát, valamint hogy a jövőben mindig a világbajnokságot követő évben rendezik a tisztújító tanácskozást.

Harmadszor is a FIFA élén