Göncz Kinga, a bécsi ünnepségen részt vevő magyar külügyminiszter kiemelte, hogy a szervezet nemcsak az EU-ba tartó országok jogalkalmazását figyeli, hanem az is hatáskörébe tartozik, hogyan tartják be az emberi jogokat - ezen belül a kisebbségi jogokat - a régebbi tagországok. Ez volt az a pont, ahol meglehetősen sok ellenállást kellett leküzdenie a tervezet két benyújtójának, az Európai Parlament néppárti frakciójához tartozó Gál Kingának és a szocialista Kósáné Kovács Magdának.

A két magyar európai parlamenti képviselő hangsúlyozta, hogy a legtöbb lehetősége a kisebbségi jogok betartatása terén az Európa Tanácsnak van, ám e funkcióját inkább az unión kívüli országok tekintetében gyakorolja. Márpedig éppen a bővítés után és a következő bővítésekre való tekintettel nem lehet beérni azzal, hogy egy ország eleget tesz a felvétel követelményeinek. Az ügynökség nem bíróság, nincs döntéshozatali joga, s nem is egyéni panaszokkal foglalkozik. Figyelemmel követi a tagállamok és tagjelöltek jogérvényesítési gyakorlatát, segítséget nyújt a jogalkotásban, s felkérésre ajánlásokat készít, véleményeket, adatokat gyűjt.

A két magyar európai politikus ugyanakkor nagy jelentőséget tulajdonít annak is, hogy az új ügynökség szoros kapcsolatot alakít majd ki a civil szervezetekkel.

Göncz Kinga a magyar külpolitika két fontos célja tekintetében tartja döntőnek az ügynökség létrejöttét: fórum nyílik ezzel a határon túli magyar kisebbség védelme számára, és jelentős támogatásban részesülhet a balkáni országok európai integrációja.