A szenátus külügyi bizottsága még a republikánus többség idején sem szavazta meg Bolton jelölését, ezért a Fehér Ház az ülésszakok közti szünetet kihasználva 2005 augusztusában nevezte ki. Ez a mandátum azonban a régi képviselőházéval együtt január elején lejár. Az elnök azt fontolgatta, hogy nem nagyköveti státusban, de továbbra is Boltonra bízza az ENSZ-képviselet vezetését. A diplomata azonban inkább önként távozott, miután a külügyi bizottság leendő elnöke, a demokrata párti John Biden azt mondta, nem látja értelmét a jelölés ismételt napirendre tűzésének. Bush szóvivője szerint "vonakodva" fogadta el a lemondást.

A világszervezet főtitkára ellenben széles mosollyal nyugtázta, hogy az év végével nemcsak ő, de elmúlt másfél évének megkeserítője is távozik. Kofi Annan a CNN kérdésére azt mondta Boltonról, hogy elvégezte, amit vártak tőle, az Egyesült Államok képviseletében követte a kapott utasításokat. A főtitkár rögtön ez után arról kezdett beszélni, hogy a nagyköveteknek meg kell tanulniuk kompromisszumot kötni. Annan nem mondta, de szavaiból az következik, hogy Boltont nem tartotta ilyen személyiségnek. Ugyanakkor rögtön fel is mentette a diplomatát, mondván, a politikát nem a nagykövetek alakítják.

John Bolton