Büntetését letöltve szülőfalujában él, ám a trianoni döntés után, 1920 őszén megpróbál egy brassói szász gyárban elhelyezkedni, ahová, mert magyar, nem veszik fel. Ezt követően iratkozott be a Gyulafehérvári Papneveldébe. Hamar kitűnt társai közül. 1924-ben szentelték pappá. Rendkívül nehéz időben. A román politika 1920-tól igyekezett a magyar nemzeti tudatot ápoló egyházakat megtörni. Az 1927-ben Románia és a Vatikán között kötött konkordátum pedig különösen súlyos csapást mért a katolikus magyarságra. Az ősi magyar püspökségek helyett a kicsiny bukaresti egyházmegyéből lett érsekség. Megszűnt a 900 éves nagyváradi püspökség, amiként az erdélyi püspökség is, amelynek helyét a gyulafehérvári vette át. A kisebbségellenes román politika ellen Márton Áron félelmet nem ismerve harcol. Hamarosan nagy tekintélynek örvend Erdély-szerte, és nem csak a katolikusok körében. 1938-ban kitörő örömmel fogadják a magyarok, hogy XI. Pius pápa gyulafehérvári püspökké nevezi ki.

1940-ben a második bécsi döntés Magyarországnak ítéli Észak-Erdélyt. Márton Áron azonban a Dél-Erdélyhez tartozó Gyulafehérváron marad a román uralom alatt rekedt hívei között, noha a katolikusok többsége - például a székelység - Észak-Erdélyben él. Mint román állampolgár, csak útlevéllel látogathatja meg őket. Így érkezik 1944 májusában is Kolozsvárra, papszentelésre. Ekkor azonban Magyarországon már javában folyt a zsidóság deportálása. Márton Áron a Szent Mihály-templomban, de másutt is, a magyar főpapság körében egyedülálló élességgel kelt ki az antiszemitizmus ellen. Ezen túl tiltakozó levelet írt a Kolozs megyei főispánnak, a kolozsvári rendőrkapitánynak, Sztójay Döme miniszterelnöknek és Jaross Andor belügyminiszternek, akit lemondásra szólított fel. Az eredmény: Kolozsvár rendőrkapitánya kijelenti, hogyha a püspök magyar állampolgár volna, lefogatná. Így "csupán" kiutasítják a városból. Márton Áron hívei kíséretében gyalog távozott Kolozsvárról.

Már 1944 őszén körlevelet adott ki, amelyben óvatosságra intette, s a rendszerváltásra készítette fel papjait. Ő maga azonban bátran harcolt. És nem csupán a magyarokért. Hanem például a román görög katolikusoknak az ortodoxiába való beolvasztása ellen is. Ugyanakkor 1946-ban ő akadályozta meg, hogy a csíksomlyói búcsú politikai tüntetéssé váljon. 1949-ben mégis letartóztatják, hazaárulás vádjával életfogytiglani börtönbüntetésre ítélik. 1955-ben szabadlábra helyezik, ám hívei oly lelkesen ünneplik őt szereplései alkalmával, hogy 1957-től házi őrizetben tartják a gyulafehérvári püspöki palotában. 1967-ben Ceausescu nyugatra történő nyitása jegyében Márton Áron is kikerül a házi fogságból. Ám őt nem lehet lekenyerezni. Amikor 1968-ban a többi román egyházfővel együtt Márton Áront is fogadja a Vezér, mi több, maga mellé ülteti, a gyulafehérvári püspök az egyetlen, aki nem hajlandó neki tapsolni. 1977-ben a népszámlálás alkalmával körlevélben figyelmeztette híveit, hogy a román hatóságok csalásra készülnek. Arra számítottak, hogy az önazonosságukra büszke székelyek nem a magyar rubrikába írják magukat. Márton Áron körlevele nyomán azonban alig akadt, aki székelynek vallotta magát. Pedig a háromszékiek és az udvarhelyszékiek jó része református. Ekkor már az egész erdélyi magyarság őt tekintette első számú vezetőjének.

Talán mert nem csupán bátor, de rendkívül toleráns főpap is volt. A kiváló festőművész, az ugyancsak csíki Zsögödi Nagy Imre nem számított valami istenes embernek. Amikor azonban 1976-ban meghalt, Márton Áron nemcsak koszorút küldött a temetésére, hanem egy magas rangú egyházi személyt is, aki a szertartást végezte. A református Kányádi Sándornak a püspök Teilhard de Chardin Az emberi jelenség című könyvét ajándékozta, s abba a költő saját, Félvén se félve című versének utolsó versszakát írta ajánlásul: "kiállni verten az élre, / maradni hadvezérnek, / és tudni, félvén se félve, / a végső vereséget".

Márton Áron 1980. szeptember 29-én hunyt el. Hívei már életében szentként tisztelték. Boldoggá avatása nem sokkal halála után megindult, ám máig nem fejeződött be. A jeruzsálemi Jad Vasem intézet legmagasabb kitüntetését 1999-ben kapta meg.