Samil Baszajev kiiktatása nemcsak az oroszbarát csecsen vezetőknek, de a lakosságnak is megkönnyebbülést okoz. Bár az első számú terrorista mindig elmondta, hogy népe függetlenségéért harcol, sosem vált a legnépszerűbb személyiséggé. Kétszer is indult a - nem Moszkva által szervezett - csecsen elnökválasztáson, ám 1991-ben Dzsohar Dudajevvel, 1997-ben Aszlan Maszhadovval szemben maradt alul.

Az első elnökkel szoros kapcsolatban állt - Dudajev személyes őrségét is ő szervezte -, Maszhadovval azonban már ellentmondásos viszonyban volt. Az elnök nyilatkozataiban hajlott a Moszkvával való kiegyezésre, a hadúr viszont minden célt csak a fegyveres akciókon keresztül tartott elérhetőnek. "Eredményes" valóban csak ezen a területen volt.

A moszkvai Lomonoszov Egyetem jogi karára háromszor felvételizett, sikertelenül. Végül 1987-ben mezőgazdasági mérnöknek kezd tanulni, ám egy évvel később jegyei alapján eltanácsolják. Két éven át Moszkvában dolgozik, 1991-ben pedig - a Kaukázus Népeinek Konföderációja fegyvereseinek parancsnokaként - indul az elnökválasztáson. A vereség után egy hónappal még Törökországba térít el egy dél-oroszországi utasszállítót. Az áldozatoktól mentes, technikailag sikeres, ám eredménytelen akció után bekapcsolódik Abházia Grúzia ellen folytatott harcába. Hamarosan a szakadár Abházia védelmi miniszterhelyettesévé küzdi fel magát. Megnősül, 1994-ben visszatér Csecsenföldre, hogy részt vegyen a kezdődő csecsen-orosz háborúban, megszervezve Groznij védelmét. 1995 nyarán alapozza meg kétes hírnevét: másfél ezer embert ejt túszul a bugyonnovszki kórházban. Az akció hatására - másfél száz ember élete árán - felújítják a béketárgyalásokat, amelyek nyomán az orosz erők kivonulnak Csecsenföldről. Dudajev kitünteti Baszajevet, megerősítve őt abban, hogy ez a járható út. Miután Dudajevvel orosz rakétatámadás végez, és a választásokon Baszajev másodikként fut be, a győztes Maszhadov a főként radikális fiatalabb generáció által támogatott fegyverest miniszterelnök-helyettessé teszi. Baszajev három hónapig sem bírja a politikuslétet, és lemond.

Annak ellenére, hogy Csecsenföld lényegében elérte a függetlenséget, 1999-ben Baszajev az általa verbuvált fegyveresek élén betör Dagesztánba. Hozzá és a szaúdi Amir al-Hattabhoz fűződnek az ebben az évben elkövetett, 240 halálos áldozattal járó moszkvai és volgodonszki lakóházrobbantások is. Az orosz erők újra bevonulnak, elindítva a második csecsen háborút - népszerűséget biztosítva az új orosz kormányfőnek, Vlagyimir Putyinnak.

A következő években Baszajev számos terrorakciót szervez, a legtöbb áldozatot 2002-ben a moszkvai Dubrovka színház, 2004-ben a beszlani általános iskola elleni akció követeli. (Igaz, az összesen csaknem félezer áldozat döntő többsége az orosz erők vitathatóan megszervezett "kiszabadítási akciója" során vesztette életét.) Bugyonnovszkhoz hasonló politikai sikert az egyre véresebb akciók nem hoznak, ráadásul Baszajev elveszti hátországát is.

Baszajev öncélú terroristává válik. Bár tíz évvel korábban még világi Csecsenföldért harcol, az évtized végére az al-Kaidával kerül kapcsolatba, és iszlám harcossá vedlik.