A Dunát 1992 októberében terelték el a szlovákok. Azóta hol több, hol kevesebb, de a korábbit meg sem közelítő mennyiségű víz érkezik a régi mederbe. A térség élővilágát az elterelés alapvetően megváltoztatta, még úgy is, hogy a fenékküszöb megépítése csökkentette a veszteségeket. Hogy mennyire és milyen irányba, annak pontos mérésére 1995. április 19-én született Magyarország és Szlovákia között egyezség. Azóta sok tudás, értékes tapasztalat gyűlt össze olyan környezeti folyamatokról, melyek egyedülállók Európában.

A monitoringozásnak köszönhetően tudjuk, hogy a Duna főmedrének elzárása és a vízhozam döntő részének átterelése alapvetően megváltoztatta a szigetközi Duna és ágrendszereinek medrét, az érkező vízmenynyiség lefolyási viszonyait. Az érintett szakasz túlnyomó részén például - mivel kevesebb a víz - a meder jelentős beszűkülése, a parti zátonyok fejlődése miatt tekintélyes sűrűségű és magasságú növényzet alakult ki. A területmérések eredményéből megállapítható, hogy a meder területe az elterelést megelőző állapothoz képest 410 hektárral csökkent, amely 33 százalékot tesz ki.

A hidrobiológiai vizsgálatok egyértelműen tanúsították a változatos szigetközi vízterek kiemelkedő természeti értékét, biológiai sokféleségét, a Duna elterelésének közvetlen károsító hatásait, a vízi élővilág jelenlegi uniformizálódási folyamatát. A térség élővilágára alapvető hatással volt, hogy a kevesebb víz miatt csökkent a talajvízszint. A Duna elterelését követő változások a kezdeti nagymértékű, gyors átalakulások után jelenleg egy lassabb szakaszban vannak, egyik évről a másikra már nem történnek jelentős változások.

A hullámtéri erdők változatossága csökkent, a vizet kedvelő növények közül több is eltűnt. Ugyancsak évek óta nem láttak öt halfajt. A növényzet legnagyobb mértékű változása az ágrendszerben és a hullámtérben következett be. A Mosoni-Duna vízszintje mesterségesen stabilizált, ott talajvízszint-csökkenés nem történt, ezért a növényzet állapotában sem következett be olyan változás, amely a Duna elterelésével hozható kapcsolatba.

Ugyanakkor kimutatták, hogy a rovarok több állatközösségének is megváltozott a fajösszetétele, ami egyrészt egyes vízfolyások eltűnésével, másrészt a vízpótlásból adódott vízsebesség növekedésével függ össze. A vízparti rovarok között csökkent a nedvességkedvelő fajok aránya, ami a part menti élőhelyek szárazodását jelzi. Több gerinctelen állatcsoport fajösszetételében azonban a Duna elterelését és a vízpótlást követően sem volt kimutatható változás. A szakemberek azt mondják, hogy ha a jelenlegi húsz helyett a folyó vízhozamának negyven százaléka érkezne a régi mederbe, sokkal kisebbek lennének a károk.

A megfigyelési eredmények azonban nem elégítik ki maradéktalanul a szigetközi vízrendszer rehabilitációjához vagy az EU-vízkeretirányelv bevezetéséhez kapcsolódó újabb információigényeket. Ezért az MTA Magyar Duna-kutató Állomás előkészületeket tett az eddigi monitorozási stratégia felülvizsgálatára.

A vízkedvelõ növények közül több is eltûnt és évek óta nem láttak öt halfajt